Сведения о зографских кодексах XI–XVIII вв., известных по печатным описаниям, учтены (с рядом уточнений) в сводном кратком каталоге славянских рукописей Афона. В библиотеке Зографа также хранится 167 греческих рукописей, из которых 110 были описаны Спиридоном Ламбросом (46 кратко, остальные 64 отмечены как «церковно-музыкальные» бумажные рукописи ХVI–ХIХ вв.). В 1993 г. было обнаружено, что около десятка рукописей, указанных С. Ламбросом, исчезли или были заменены более поздними. Из всех греческих кодексов только три написаны на пергамене. Древнейшие греческие манускрипты – Евангелие-тетр XII в. и Сборник XIII в., включающий Лавсаик, отрывки других Патериков и «Диоптры» монаха Филиппа, послание Константинопольского патриарха Николая III Грамматика к проту Горы Афон. К XIV в. относятся Толкования Никиты, митрополита Серрского, на Слова и гомилии Григория Богослова, Слова постнические Исаака Сирина, службы разным святым и Триодь. Кроме того, сохранились четыре листа из Евангелия-тетр XIV в., украшенные фронтисписами. Большинство манускриптов относится к XVI–XIX вв. Значительную часть собрания составляют певческие рукописи (более 60 единиц хранения). Исследователям неизвестна судьба рукописного каталога греческих рукописей собрания, который был составлен монахом Каллистом в продолжение каталога С. Ламброса и содержал указания на кодексы со службами святых и Житиями славянских святых (например, Климента и Наума Охридских, князя Владимира, Параскевы Тырновской, мученика Георгия Янинского, Мученичество 26 Зографских мучеников). По свидетельству архимандрита Порфирия (Успенского), во второй половине XIX в. в кафоликоне Зографа хранились: крестообразный ковчег с частицей Животворящего Креста Господня, частица мощей и кровь Георгия Победоносца, челюсть Стефана Нового, честная глава и две части ног Матроны Хиосской, частицы мощей апостола Андрея Первозванного, апостола Матфея, архидиакона Стефана Первомученика, Игнатия Богоносца, священномучеников Антипы и Харалампия, великомучеников Никиты, Феодора Стратилата, Прокопия, Иакова Персянина, мучеников Нестора, Кирика, Меркурия, Трифона, бессребреников Космы и Дамиана, Кира и Иоанна, Варлаама, святителей Александрийского патриарха Петра, Константинопольского патриарха Евтихия, священномученика Климента, св. Ферапонта, св. Авксентия, святителя Феодосия. В настоящее время в монастыре хранятся честная глава Матроны Хиосской и частицы мощей Анастасии Узорешительницы, Стефана Нового, Георгия Победоносца, Поликарпа Смирнского, бессребреников Космы и Дамиана и мученика Трифона. В соборе монастыря хранятся три чудотворные иконы Георгия Победоносца. Фануилская (ХIV в., отражает влияние так называемого палеологовского стиля) расположена на пилоне южного хора и связана с легендой об основании Зографа тремя братьями. История наименования иконы объясняется в легенде, согласно которой в монастыре Фануил близ Лидды в Палестине на глазах у монахов пропал лик с иконы Георгия Победоносца, а позже игумену Георгию явился святой и рассказал, что нашёл для своей иконы лучшее место, после его указания братия пришла на Афон и обнаружила икону в Зографе.