«На второй или третий день после вскрытия «мощей» Тихона по желанию и просьбе граждан, собравшихся у здания монастыря, – отмечается в воспоминаниях задонца коммуниста С.Г. Заворыкина, – было произведено вскрытие пяти цинковых гробниц в склепе под трапезной церковью... При вскрытии первых четырёх гробниц в них были обнаружены почерневшие человеческие кости, покрытые истлевшей одеждой. При вскрытии пятой гробницы обнаружен прах женщины Евфимии с сохранившейся высохшей тканью и кожей тёмно-коричневого цвета, похожей на пергамент. Открывшееся повергло вскрывавших в шок. Это был идеологический скандал, который тут же попытались замять». После обретения мощей задонской подвижницы Е.Г. Поповой верующие восприняли историю с разоблачительным вскрытием как провокацию большевиков. Мощи вновь были положены в серебряную раку и находились в ней до 1922 г. 12 февраля 1919 г. та же комиссия вскрыла гробницы задонских праведников, погребённых в «Митрофановой пещере» под Вознесенским трапезным храмом. После конфискации серебряной раки, совпавшей по времени с передачей Владимирского собора Задонского монастыря  обновленцам, мощи были переложены в деревянный гроб и до 1929 г. находились у обновленцев. Верующие посещали Задонский монастырь, чтобы приложиться к святыне и присутствовать при выносе раки. Последний крестный ход с мощами на территории Задонского монастыря состоялся 26 августа 1929 г., в нём участвовало более 10 тыс. человек. Мощи святителя Тихона после недолгого пребывания в местном музее в 1932 г. были переданы антирелигиозному музею, организованному в бывшей Великокняжеской (Александро-Михайловской) церкви города Ельца, позже – в Орловский краеведческий музей. Вслед за изъятием мощей святителя Тихона останки праведников Задонского монастыря, в том числе погребённых под сводами «Митрофановой пещеры», вывезли на городское кладбище Задонска и захоронили в общей могиле, названной народом «Святая». Сохранились воспоминания об этом событии жительницы села Тюнина А.С. Числовой: «Была я девчонкой ещё, играли мы с ребятами неподалёку от кладбища. Смотрим, подвода подъехала. А на ней – двое мужиков и что-то такое, попонками покрытое. Домоткаными такими попонками, их уж теперь не делают. Вот мужики слезли с подводы и начали могилу копать. Оказалось, покойников привезли. Мы поближе подошли, интересно было ребятишкам – всех в гробах хоронят, а этих – в попонки завёрнутыми. И что точно помню – не только кости там были, а и тела, только высохшие совсем, жёлтые такие. Положили их в могилку небрежно. Даже солому, что в подводе подстелена была, туда покидали. Было это году в 1930. Не позже...» С 1937 г. мощи святителя Тихона находились в располагавшемся в Богоявленской церкви антирелигиозного музее города Орла. В период немецкой оккупации города в Богоявленском храме совершались богослужения, мощи были открыты для поклонения верующим. Во время боевых действий по освобождению Орла святыню удалось сохранить. В 1947 г. мощи были открыто выставлены в Богоявленском кафедральном соборе Орла, 2 июля 1959 г. освидетельствованы по благословению архиепископа Орловского и Брянского Иеронима (Захарова). Акт освидетельствования опровергал итоги «разоблачительного вскрытия» 1919 г. С началом новых гонений 27 сентября 1960 г. мощи вновь оказались в запасниках Орловского краеведческого музея, «в ящичке под номером 18302/121». Документ о передаче мощей был подписан заведующим фондами музея Л.Д. Тихомировой и настоятелем Богоявленского собора протоиереем И.И. Базилевичем.