20 марта 1922 г. была создана комиссия по изъятию ценностей Задонского монастыря, куда были включены представители духовенства. К 6 апреля 1922 г. из Задонского монастыря среди прочего было конфисковано «серебро: с престола – 5 п. 7,5 ф., с раки – 9 п. 21,25 ф., серебряную сень бывшей над ракой 25 п. 39 ф. 9 з., 4 сосуда, из них: 1 маленький, 2 ковчегa, 2 креста, обложка с креста, крышка с Евангелия с углами 15 ф. 40 з. Общий вес 41 пуд 3 ф. 25 з., стоимостью пять миллиардов шестьсот миллионов», к 8 апреля дополнительно: «...Серебряные вещи… теплого храма с раки 4 п. 30 ф., с престола и придела 3 п. 5 ф., три стенки престола главного алтаря 2 п. 5 ф., ризы с икон Владимирской, Троеручицы с искусственными камнями и Николая Угодника 16 ф. 4 з. Общий вес 10 п. 16 ф. 4 з.» (Государственный архив Воронежской области). Всего весной 1922 г. из монастыря было изъято золотой утвари 74 золотника 57 долей, серебра 56 пудов 24 фунта 83 золотника 67 долей, камней 2 фунта 52 золотника 75 долей (Государственный архив Воронежской области). Часть святынь и пожертвований братия безуспешно попыталась спрятать, в марте-апреле 1922 г. в обители проходили обыски. Всего к 30 июня 1922 г. было изъято золота «74 золотника 57 долей, серебра более 57 пудов и драгоценных камней 2 фунта 52 золотника 75 долей» (Государственный архив Липецкой области). С 1922 г. Задонский монастырь подчинялся задонскому викарному архиерею (см. Задонское викариатство). В сентябре 1922 г. Задонский епископ Иоанн (Болховитинов) вместе с духовенством уклонился в обновленчество. Монастырю были оставлены бывший больничный храм и училищная церковь во имя Николая Чудотворца в городском саду. Воронежский митрополит Владимир (Шимкович) назначил исполнять обязанности приходского священника Никольской церкви иеромонаха Пиония (Ермоленко). С июля 1923 г. церковная жизнь Задонска контролировалась обновленческим церковным управлением. Община монастыря зарегистрировалась как артель при свечном заводе. Обновленцы арендовали у Задонского уездного исполкома «летний собор..., тёплый собор..., келейную церковь..., могильную церковь..., нижнюю колодезную церковь» (Государственный архив Воронежской области). Для сохранивших верность патриарху Тихону богослужения совершались иеромонахами Задонского монастыря, не принявшими обновленчество, лишь в Троицком храме Скорбященского монастыря. Сохранился составленный 1 августа 1923 г. бывшим благочинным Задонского монастыря иеромонахом Пионием список 38 монашествующих обители, состоявших в так называемой рабочей артели. В нём перечислены имена девяти чернорабочих, семь человек (включая настоятеля) названы работниками свечного завода, есть сапожник, ложкорез, специалист по ремонту прялок, указан среди прочих и фельдшер. Об остальных, упомянутых в данном списке, в том числе и о самом авторе реестра, сказано, что «питаются приношением добрых граждан города Задонска» (Государственный архив Липецкой области). В 1923 г. братию возглавлял архимандрит Никандр (Стуров). Духовным авторитетом среди братии пользовался бывший афонский монах 80-летний архимонах Тимолай (ум. в 1927 г.). Пребывая на покое в Задонском монастыре, он работал «над созданием труда об отношениях Церкви и государства в послереволюционное время, о страшных годах гонений, пережитых и переживавшихся Церковью» (Государственный архив Липецкой области).