В 1923 г. при храмах Задонского монастыря  было создано «Тихоновское» религиозное общество, но обновленцы не позволили его членам служить в монастырских храмах (Государственный архив Липецкой области). Весной 1929 г. братия получила приказание освободить жилые помещения в двухэтажном здании у свечного завода. Тогда архимандрит Никандр купил для монахов у Задонского горсовета дом на Дворянской улице, который стал последним приютом общины. Братия поддерживала одного из лидеров иосифлянства, епископа Алексия (Буя). В июне 1929 г., получив письмо от сосланного на Соловки епископа Алексия, архимандрит Никандр организовал сбор средств для оказания помощи архиерею (Государственный архив Липецкой области). В декабре 1929 г. Задонский монастырь был официально закрыт (Государственный архив Липецкой области), духовенство Задонского иосифлянского округа окормлялось у бывшего архиепископа Гдовского Димитрия (Любимова), с августа того же года духовником братии Задонского монастыря был епископ Бахмутский и Донецкий Иоасаф (Попов). Аресты иосифлянского духовенства в Задонске начались с сентября 1929 г. Поводом для возбуждения уголовного дела против монахов и мирян стала провокация, устроенная Елецким окружным ОГПУ 26 августа 1929 г., в день памяти святителя Тихона. Среди верующих распространились слухи о том, что в этот день власти будут расстреливать и давить автомобилями пришедших на праздник паломников. 26 августа собралось небывалое за предыдущие годы число верующих, несмотря на то что по-прежнему праздничная служба совершалась обновленческим духовенством. По воспоминаниям жительницы Задонска А.П. Артёмовой, «в момент, когда выносили угодника из собора, вдруг в полной тишине раздался крик: “Сейчас будут стрелять!”. Моментально верующие с криками побежали от собора. Но сейчас же паника улеглась. Не прошло и минут десять, как опять раздались крики: “Едет автомобиль, сейчас будут давить!”. Вновь верующие бросились врассыпную. Началась давка. Я упала, сына Тихона прикрыла телом. Некоторые бежали прямо по мне. Когда всё улеглось и все убедились, что никакого автомобиля нет, верующие вернулись к собору» (Государственный архив Липецкой области). 28 сентября того же года против «контрреволюционной группировки» (архимандритов Никандра и Прокопия (Бондарева), иеромонахов Иоанникия (Стукалова), Нафанаила (Панина) и Пиония (Ермоленко), иеродиакона Виктора (Дубинина), монахов Мануила (Щепкина), Митрофана (Вахтина), Серафима (Меренкова) и др.) возбудили уголовное дело. Архимандрит Никандр обвинялся в распространении слухов, вызвавших давку во время празднования, в помощи епископу Алексию (Бую), в хранении копий рукописи «Что должен знать православный?», переписанной из брошюры протоиерея Фёдора Константиновича Андреева и профессора Михаила Александровича Новосёлова. Решением Коллегии ОГПУ 26 декабря 1929 г. архимандрит Никандр и другие были обвинены по статьям 58/10 и 58/11 Уголовного Кодекса и приговорены к заключению «в концлагерь сроком на десять и пятнадцать лет с конфискацией имущества доведением до трудовой нормы» (Государственный архив Липецкой области). Аналогичные обвинения были вынесены в 1930–1933 гг. многим членам церковно-монархической организации буевцев, имевшим непосредственное отношение к Задонскому монастырю.