В 1694–1695 гг. при больничных кельях на южной стороне монастыря была построена церковь во имя Иоанна Предтечи на средства москвича И.Ф. Евстигнеева, похороненного под алтарём храма; позднее храм не упоминается. Церковь во имя мучеников Фотия и Аникиты появилась в обители в середине XVIII в., стояла к северу или к востоку от собора, однако, как полагают исследователи, существовала раньше, т.к. на плане монастыря 1715 г. в этом месте обозначен некий малый храм. В 1763 г. церковь упоминалась как «неслужащая», в 1800 г. разобрана. В ризнице Владимирского Рождественского монастыря хранились написанные на железе иконы Вседержителя и Благовещения Божьей Матери из этого храма. В 1654 г. владимирские посадские люди В.А. Хмылов и С.И. Пузов построили каменную 3-ярусную шатровую колокольню к юго-западу от собора. В 1763 г. на ней было 13 колоколов, в 1800 г. – 11, в 1814 г. и позже – 8 колоколов; на средства В.А. Хмылова и С.И. Пузова также были сооружены каменные кельи. До середины XVII в. келейные корпуса и хозяйственные службы Владимирского Рождественского монастыря были деревянными. В 1659 г. были сооружены северные служительские (экономические, или казённые) каменные кельи, в 1681 и 1689 гг. на средства архимандрита Викентия – южные каменные братские и больничные корпуса, восточный келейный корпус, часть которого в 1750–1789 гг. и после 1800 г. занимали Владимирская духовная семинария и консистория (к 2004 г. сохранилась в перестроенном виде). Ограда монастыря до 1700 г. была деревянной. В древности, когда существовали крепостные валы и рублёные стены на валах, ограда монастыря с южной и восточной сторон находилась ниже валов, внутри насыпи; в 1719 г. ограда внутри насыпи сгорела, и была поставлена новая на валах. В 1700–1701 гг. часть ограды с северной и западной сторон была отстроена в камне. Исследователи считают, что каменные северные св. врата, построенные в 1607 г. вместе с надвратной Александро-Невской церковью, были расписаны сценами Страшного Суда, на выступах изображены владимирские чудотворцы и Димитрий Солунский (вкладная книга упоминает о росписи св. врат в 1637 г. и «в прежних годах»; к 2004 г. росписи забелены). Фрески имели, по мнению К.Н. Тихонравова, сходство с росписями собора владимирского Княгинина монастыря и работами Андрея Рублёва в Успенском соборе. Восточные ворота монастыря были заложены после выноса мощей Александра Невского. Каменная арка этих ворот также была украшена росписью: изображением Богородицы «Знамение» с предстоящими справа Киевским митрополитом Максимом, князьями Андреем Юрьевичем и Глебом Андреевичем, слева – Александром Невским, великим князем Георгием Всеволодовичем и мучеником Авраамием Болгарским. К 1763 г. вся ограда была каменной, с четырьмя воротами и четырьмя угловыми башнями. В 1748 г. в западной части монастыря построили здание архиерейского дома, который впоследствии неоднократно перестраивался.