В 1930–1970 гг. территория и все здания монастыря принадлежали ОГПУ, НКВД и КГБ, лишь в бывшей крестовой церкви в 1967–1984 гг. размещались на нижнем этаже библиотека Владимирского музея и городской шахматный клуб, на верхнем этаже – спортивный зал. 21 сентября 1991 г., в праздник Рождества Пресвятой Богородицы и в связи с 800-летием Владимирского Рождественского монастыря, был совершён крестный ход во главе с Владимирским епископом Евлогием (Смирновым) из Успенского собора в обитель. На месте уничтоженного собора был освящён памятный крест. 21 сентября следующего года в обители возобновилось богослужение. Первым наместником монастыря стал архимандрит Иустиниан (Саган), с 17 июля 2001 г. наместником обители является архимандрит Нил (Сычёв). В 1993 г., после передачи церкви всего комплекса Владимирского Рождественского монастыря, епископ Евлогий распорядился «сосредоточить при монастыре епархиальное управление с архиерейским домом, учебную деятельность и общественно-церковную жизнь». 30 октября 1993 г., в день памяти жертв политических репрессий, в саду Владимирского Рождественского монастыря был открыт памятный поминальный белокаменный крест, а на монастырской стене – мемориальная доска в память о расстрелянных на территории обители в 1930–1940 гг. К 2004 г. в келейных корпусах Владимирского Рождественского монастыря располагались епархиальное управление и Владимирская Свято-Феофановская духовная семинария. С октября 1992 г. богослужения во Владимирском Рождественском монастыре совершались на переносном престоле, затем был отремонтирован и в 1994 г. освящён храм Рождества Христова. В сентябре 1995 г. посетивший Владимирский Рождественский монастырь Патриарх Московский и всея Руси Алексий II освятил закладной камень собора в честь Рождества Пресвятой Богородицы. Восстановлению храма предшествовали археологические раскопки, проведённые в 1995–1999 гг., во время которых было найдено большое количество деталей собора XII в., полностью раскрыт и обмерен фундамент. В 1999 г. начались работы по строительству нового собора, являющегося храмом-памятником, работы велись епархиальным управлением совместно с администрацией Владимирской области. 21 августа 2004 г. освящение собора совершили Калужский митрополит Климент (Капалин) и Владимирский архиепископ Евлогий. 29 октября 2000 г. крестным ходом из Князь-Владимирского кладбищенского храма во Владимирский Рождественский монастырь были перенесены мощи Афанасия (Сахарова). В монастыре хранятся также частицы мощей Александра Невского, Алексия (Соловьёва) и протоиерея Петра Чельцова. Совместно с Владимирским областным фондом культуры, Владимирским отделением Русского Географического общества Владимирский Рождественский монастырь осуществляет просветительские программы. В 1997 г. обитель возобновила издательскую деятельность, в 2000 г. вышел в свет составленный во Владимирском Рождественском монастыре Патерик с жизнеописаниями святых, связанных с обителью. К началу 2005 г. в монастыре жили около 15 насельников.