Указом императрицы Елизаветы Петровны 16 июля 1744 г. Владимирский Рождественский монастырь в связи с образованием Владимирской епархии был упразднён и превращён в резиденцию Владимирского архиерея. С 6 мая 1788 г. по апрель 1798 г., когда Суздальский и Владимирский епископ Виктор (Онисимов) и все епархиальные учреждения находились в Суздале, монастырь принадлежал «казённому ведомству» и оставался «праздным», в служебных зданиях архиерейского дома размещалась администрация Владимирского наместничества (позднее губернии). Указом императора Павла I от 14 апреля 1798 г. Суздальскому епископу предписывалось «немедленно» вернуться во Владимир «для пребывания в... Рождественском монастыре». Никоновская летопись в статье, сообщающей о смерти князя Всеволода Большое Гнездо, пишет, что князь, создав Владимирский Рождественский монастырь во Владимире, наделил его «селы, и бортми, и озеры, и реками и многим имением удоволи». Наиболее ранними из известных документов о пожаловании обители населённых земель являются жалованные грамоты великого князя Юрия Даниловича 1317–1322 гг. на село Борисоглебское во Владимире, а также сёла Весское, Васильевское (Васильково) и Улолское в Суздале. В конце XIV – начале XV вв. княгиня Евдокия (в иночестве Евфросиния) дала Владимирскому Рождественскому монастырю сёла Арбузово во Владимире и Баскаково в Суздале. В первой половине XV в. великие князья Василий I Дмитриевич и Василий II Васильевич пожаловали Владимирскому Рождественскому монастырю мельницу на реке Рпень, сёла Новгородское, Горицы и Ильинское близ Владимира. В XVI в. были пожалованы великим князем Василием III Иоанновичем высокорецкие деревни и починки, царём Феодором Иоанновичем Новгородские луга по реке Рпень у Владимира и село Шахово Московского уезда. Царь Михаил Фёдорович на поминание матери старицы Марфы Иоанновны дал вотчину в Курмышском уезде и благовестный колокол. Согласно переписным книгам 1678 г., за Владимирским Рождественским монастырём числилось 1613 дворов в Московском, Владимирском, Юрьев-Польском, Суздальском и Муромском уездах; кроме того, монастырю принадлежали вотчины в Алатырском, Казанском, Курмышском, Симбирском и Шацком уездах. Начиная с XVI в. Владимирский Рождественский монастырь получал значительные вклады деньгами, вещами и продуктами. Царь Иван IV Васильевич по казнённым и убитым в опричнину «опальным» людям дал в обитель 1150 руб. и 10 ногайских кобылиц, поминальный вклад по царице Марии Темрюковне составил 70 руб. В 1605 г. царь Борис Годунов пожертвовал 150 руб. Колокол весом 300 пудов пожаловал в монастырь в 1636 г. царь Алексей Михайлович. В 1678 г. царь Фёдор Алексеевич «дал во святую церковь плащаницу большую». Крупными вкладчиками были Ростовский митрополит Иона, передавший в 1606/1607 г. в монастырь вещей и денег на сумму 1750 руб., Рязанский и Муромский архиепископ Варлаам, пожертвовавший обители в 1616/1617 г. 500 руб., Н. Пушкин (в иночестве Нифонт), вклад которого составил 600 руб., архимандрит Троице-Сергиева монастыря Викентий, Патриарший ризничий иеродиакон Боголеп, окольничий Никита Иванович Акинфов.