После пожара 1896 г. иконостас был отремонтирован, живопись поновлена, деревянный пол заменён каменным, 17 декабря 1896 г. состоялось освящение храма. В начале XX в. в Рождественской церкви находилась ещё одна памятная рака Александра Невского, с частицей мощей и изображением св. князя на крышке. В сентябре 1920 г. имущество монастыря, в том числе «рака с частицей мощей», было передано в приходскую Троицкую церковь, куда перешёл служить последний настоятель Владимирского Рождественского монастыря архимандрит Афанасий (Сахаров). Эта рака 2 октября 1923 г. попала в Успенский собор. В настоящее время частица мощей Александра Невского из неё пребывает в соборе, в другой золочёной раке, на северной стороне центрального нефа. С 1886 г. в помещении под Христорождественской (крестовой) церковью располагалось древлехранилище братства Александра Невского, где находились памятники церковного искусства, рукописи, старопечатные книги. В древлехранилище поступило большое количество предметов из ризницы Владимирского Рождественского монастыря: два серебряных вызолоченных блюда для освящения хлебов работы западноевропейских мастеров XVII в. (ныне во Владимиро-Суздальском музее), два серебряных дискоса начала XVII в. – вклад Ростовского митрополита Ионы (Думина; ныне во Владимиро-Суздальском музее), серебряное с позолотой кадило в виде одноглавого храма – вклад 1663 г. царя Алексея Михайловича (ныне во Владимиро-Суздальском музее), пять напрестольных крестов XVII в. – вклады царя Михаила Фёдоровича, патриарха Филарета, семьи Михаила Яковлевича Черкасского, а также Никиты Ивановича Акинфова и стольника Фёдора Владимировича Шилова, серебряная вызолоченная панагия XII в. с образом Димитрия Солунского, украшенная жемчугом и «червчатыми» камнями (ныне во Владимиро-Суздальском музее), богато украшенная панагия с Нерукотворным образом Спасителя – вклад Веррийского митрополита Аверкия 1631 г., деревянный потир XVII в. с живописными изображениями Спасителя, Божьей Матери и Иоанна Крестителя, а также восьмиконечного креста с орудиями Страстей Христовых, позолоченные рипиды – вклад 1590 г. Вологодского архиепископа Ионы (Думина), серебряная с позолотой водосвятная чаша – поминальный вклад 1600 г. князя Ивана Петровича Шуйского. Среди памятников шитья примечательны шёлковая пелена с изображением Александра Невского, вышитым золотом и серебром, – вклад 1612/1613 г. Прасковьи Соловой, второй супруги царевича Ивана Ивановича (ныне во Владимиро-Суздальском музее), покров на гробницу Александра Невского середины XVII в. (ныне в Русском музее), покров 1670–1690 гг. работы строгановской мастерской города Сольвычегодска (ныне в Сергиево-Посадском музее), покров, изготовленный в московской мастерской боярыни Акилины Бутурлиной, – её поминальный вклад в монастырь 1710 г. (ныне в Русском музее). В северной линии ограды Владимирского Рождественского монастыря над св. вратами находилась шатровая церковь во имя князя Александра Невского, устроенная, как полагают исследователи, бывшим Ростовским митрополитом Ионой (Думиным) в 1607 г.; к 1797 г. Александро-Невская церковь была упразднена.