Гробница была поставлена у южной двери собора, которая была заложена внизу, вверху обращена в окно. В феврале 1722 г. мощи были освидетельствованы Новгородским архиепископом Феодосием (Яновским) и архимандритом Сергием, в 1724 г. перенесены в Александро-Невский монастырь в Санкт-Петербурге. Владимирский Рождественский монастырь пострадал от пожаров в конце XIV в. и в 1491 г., когда «и церковь Пречистые Рожество в монастыре внутри града выгоре», «и внутрь церкви тоя все выгоре и с людьми». В 1536 г. сгорела «половина монастыря». Многие настоятели Владимирского Рождественского монастыря занимали епископские кафедры. Первые Суздальско-Владимирские архиереи – Симон (1214/1215 – 1226 гг.) и Митрофан (1227–1238 гг.) – до своего поставления на кафедру управляли Владимирским Рождественским монастырём. В 1389 г. во епископа Коломенского был хиротонисан архимандрит Владимирского Рождественского монастыря Павел. В 1517 г. настоятель обители архимандрит Геннадий стал епископом Суздальским. Настоятели монастыря принимали участие в церковных Соборах. В 1555 г. архимандрит Закхей присутствовал на Московском соборе по случаю учреждения Казанской епархии и поставления святителя Гурия Казанским архиепископом. Архимандрит Иоаким участвовал в Московском соборе 1580 г., архимандрит Герман присутствовал на Соборе в 1584 г. В 1598 г. архимандрит Варлаам подписал соборную грамоту об избрании на царство Бориса Годунова. В 1613 г. архимандрит Исаия первым после епископов подписал утверждённую грамоту на царство царя Михаила Романова. 24 июня 1619 г. архимандрит Исаия участвовал в поставлении на патриарший престол Филарета (Романова), 28 сентября 1645 г. архимандрит Иона – в чине венчания на царство Алексея Михайловича. На Большом Московском соборе 1666–1667 гг. архимандриту Филарету поручили доставить грамоту патриарху Никону о прибытии его из Новоиерусалимского монастыря в Москву, в декабре 1666 г. архимандрит Филарет присутствовал при низложении патриарха Никона. Последние архимандриты Владимирского Рождественского монастыря – Павел и Платон (Петрункевич) – являлись членами Святейшего Синода. Владимирский Рождественский монастырь посещали Патриархи Московские и всея Руси. 8 мая 1629 г., находясь «в Володимере в походе», патриарх Филарет пожертвовал «пять колодок гвоздей лужёных» для обивки бархатом «в чюдотворцове раке изнутри». Патриарх Иосиф 30 января 1643 г. в монастыре «за стол» повелел дать 5 руб. и нищим 10 денег. 23 января 1653 г. патриарх Никон служил в монастыре литургию, угощал за трапезой братию и одарил её денежной милостыней. Сведения о числе насельников обители до XVIII в. не сохранились. В 1701 г. во Владимирском Рождественском монастыре жили 72 монаха, в 1715 г. – 64 насельника: архимандрит-настоятель, архимандрит на покое, шесть иеромонахов, пять иеродиаконов, 51 монах (в приписном монастыре во имя Феодора Стратилата насчитывалось 20 монашествующих). В 1741 г. во Владимирском Рождественском монастыре значились 35 насельников, при монастыре служили 65 человек. В обители также жили восемь отставных военных. В 1722 г. на территории монастыря было открыто первое в городе учебное заведение – цифирная школа, где обучались семь мальчиков.