Василий Иванович посетил Корнилиев Комельский монастырь во время поездки в Кириллову Белозерскую обитель (1528–1529 гг.) для молитвы о чадородии (он останавливался также в монастырях Переяславля-Залесского, Ростова, Ярославля). Великий князь хотел, чтобы Корнилий вернулся на игуменство в обитель, но первоначально согласился с просьбой преподобного остаться в пустыни и просил молиться о рождении наследника. Однако позже в Москве, куда Корнилий прибыл с просьбой получить разрешение на создание церкви в Сурской пустыни, Василий Иванович разрешения не дал и повелел преподобному вернуться на игуменство в Комельский монастырь, которому были даны щедрые пожалования. Он покровительствовал также Антониеву Сийскому во имя Святой Троицы мужскому монастырю (основан в 1520 г.). Преподобный Антоний Сийский направил своих учеников Исаию и Александра с ходатайством о помощи монастырю к великому князю, который в 1525 г. выдал жалованную грамоту «на потребу и на строение монастырю», земельные угодья, церковную утварь, прося при этом преподобного и братию молиться о чадородии великой княгини. Около 1526 г. на средства великого князя был построен каменный Троицкий собор в Александровом Свирском во имя Святой Троицы монастыре. Как и к Ивану III, к Василию Ивановичу обращались с просьбой о помощи представители порабощённых Турцией православных народов. Продолжались оживлённые сношения со Святой Горой Афон, особенно в первый период правления Василия Ивановича; после 1525 г. они на какое-то время прервались в связи с осуждением на Соборе в Москве Максима Грека и отказом отпустить его на родину. В 1507 г. с просьбой о милостыне афонским монастырям к великому князю приходили архидиакон Пахомий из Русского Пантелеимонова монастыря и монах Иаков, в ответ Василий Иванович направил Пантелеимонову монастырю пять сороков соболей, пять тыс. белок и серебряную чару, а проту и остальным монастырям – 160 золотых. В январе 1509 г. монахи Пантелеимонова монастыря Василий, Симеон и Иаков принесли в Москву ответные грамоты. Прот Паисий извещал о получении «милостыни», называл Василия Ивановича «кормителем и ктитором» и желал ему победы «над иноплеменными языки». Игумен Пантелеимонова монастыря Савва также благодарил за «милостыню», упоминал о пожалованиях Ивана III, называл монастырь «вашей ктиторией». В ответ на новую просьбу о вспоможении Василий Иванович выдал 27 июля 1509 г. две грамоты и отправил проту Паисию пять сороков соболей и пять тыс. белок на все 18 монастырей Афона и такое же количество Пантелеимонову монастырю, игумену которого Савве также были выданы две грамоты; святогорским монахам было также предоставлено право свободного сбора милостыни в России. Почти одновременно с афонскими иноками (в 1509 г.) в Москву приходили посланцы от сербского деспота Иоанна и Белградского митрополита Феофана – старцы Анастасий и Иоанникий (ранее они приходили к Ивану III от митрополита Григория), с ними прибыли также монахи из Кучайны, из Преображенского монастыря.