Город уже давно находился в орбите великокняжеской политики, промосковская ориентация псковичей была обусловлена их желанием видеть в Москве защитника от притязаний Великого Новгорода и союзника во внешней политике. Псков ещё сохранял некоторые городские вольности (вече, вечевой колокол и др.), хотя власть великокняжеского наместника усиливалась, особенно после назначения на эту должность весной 1509 г. князя Ивана Михайловича Репнина-Оболенского (ум. в 1523 г.), отличавшегося особой жестокостью по отношению к псковичам. Во время пребывания Василия Ивановича в Великом Новгороде осенью-зимой 1509/1510 гг. жители Пскова (в делегацию входили посадники и бояре) подали жалобу на наместника. По другим источникам, первым жалобу великому князю подал наместник, обвинивший псковичей в нарушении своих обязанностей по отношению к правителю («дела государские делают не по-прежнему и в суды, и в пошлины, и в оброки, и во всякие доходы у него вступаются»). Челобитные и жалобы продолжались как со стороны князя И.М. Репнина-Оболенского, так и со стороны псковичей, не только посадников, но и чёрных людей, которые жаловались и на наместника, и на новгородских помещиков, и «на свою братью на пскович». Великий князь признал виновными посадников и положил «великую опалу» на «свою отчину Псков» (было упразднено вече, сняты колокола, установлена власть двух наместников в городе, а также по десяти пригородам). Псков принял требования об уничтожении вольностей, и Василий Иванович после совета с частью Боярской думы (находившейся при нём в Великом Новгороде) не стал посылать войска на город. Из Пскова было выведено 300 семей (среди них посадники, купцы, житьи люди), поселившиеся в Северо-Восточной Руси. Дворы в Среднем городе, откуда они были выселены, получила тысяча новгородских помещиков, составивших военный гарнизон города; здесь же были поселены 300 купеческих семей из других городов страны. Была отменена чеканка денег в Пскове, и произведена перечеканка монет. Включение Пскова в состав Русского государства способствовало его экономическому подъёму, показателем роста было, в частности, большое церковное строительство, в том числе каменное. В 1516–1533 гг. в городе было построено 17 храмов, укреплялись городские стены, строились новые оборонительные сооружения. Вслед за «псковским взятием» началась борьба за Смоленск, также имевший важное стратегическое значение. После успешных военных действий и переговоров крепость капитулировала летом 1514 г. Сыграло роль также и то, что Василий Иванович обещал жителям города управлять «по старине» – сохраняя привилегии, полученные городом от литовского великого князя Александра Ягеллончика. Достигнутые успехи закрепить не удалось, русское войско осенью 1514 г. под Оршей потерпело поражение от литовского войска. Однако Смоленск остался в составе Русского государства, установилась граница с Великим княжеством Литовским, которая существовала на протяжении XVI в.