В документе был отвергнут метод униатства как неприемлемый. Далее отмечалось, что богословские доктрины, ставшие основанием для прозелитизма и унии как присоединения «отпавших» членов к церкви, не соответствуют современному взаимопониманию православных и католических церквей как церквей-сестёр. Баламандский документ указывает, что восточные католические церкви зародились из-за вызванных (в том числе) и чисто внешними факторами попыток восстановить общение между Восточной и Западной церквами, которые «привели к присоединению ряда общин к Римскому престолу и, как следствие, повлекли за собой разрыв общения со своими материнскими Церквами». В то же время признаётся, что восточные католические церкви «имеют все права и обязанности, связанные с принадлежностью к тому вероисповеданию, частью которого они являются», т.е. как часть Римско-католической церкви они имеют полное право «существовать и действовать в соответствии с духовными потребностями своих членов». Однако пастырская деятельность Римско-католической церкви и восточных католических церквей, согласно Баламандскому документу, «не ставит более своей задачей переход верующих из одной Церкви в другую, т.е. не направлена теперь на прозелитизм среди православных», но лишь отвечает «на духовные запросы своих верующих». Несмотря на выраженное папой Иоанном Павлом II в письме Константинопольскому патриарху Варфоломею I (с 1991 г.) от 30 ноября 1993 г. одобрение Баламандского документа, он был подвергнут резкой критике со стороны иерархов некоторых восточных католических церквей и полностью отвергнут Румынской греко-католической церковью. В то же время документ не получил утверждения со стороны ряда поместных церквей (Иерусалимской, Сербской, Болгарской, Элладской и Чехословацкой) и был неоднозначно воспринят частью православных верующих, недовольных использованием термина «церкви-сёстры» применительно к православным и католическим церквам. Однако большинство православных церквей рассматривают Фрайзингский и Баламандский документы как важный шаг в направлении упразднения униатства. 15–20 июня 1998 г. на заседании координационного комитета комиссии в Аричче по предложению православной стороны было принято «Заявление», в котором говорилось, что, несмотря на позиции Баламандского документа, «Православные Церкви не могут принять принцип существования Восточных католических Церквей как отдельных церковных организмов, представляющих себя в качестве подлинных и канонических Церквей Востока... Однако Восточные католические Церкви существуют, и униатизм является историческим фактом. Поэтому Православные Церкви не делают исчезновение Восточных католических Церквей предварительным условием для продолжения диалога. В то же время, для продолжения его, они просят, чтобы принципы, породившие эти Церкви, были недвусмысленным образом отринуты». «Заявление» указывало, что восточные католические церкви «находятся в ненормальном экклезиологическом положении, которое несовместимо с экклезиологией неразделенной Церкви», т.е. «создание и организация Восточных католических Церквей, как и прочие ненормальные ситуации, противоречат фундаментальному экклезиологическому принципу, согласно которому в определённом месте может быть только одна Поместная Церковь и один епископ», и предполагают «концепцию вселенской юрисдикции Римского епископа, которая неприемлема для православной экклезиологии». Данное «Заявление» вызвало негативную реакцию со стороны представителей восточных католических церквей. На восьмой пленарной сессии комиссии, прошедшей 9–19 июля 2000 г. в Эмитсберге (США), католическая делегация отказалась признать «ненормальным» церковное положение восточных католических церквей, и итоговый совместный документ по этому вопросу не был принят, комиссия ограничилась решением о необходимости дальнейшего изучения проблемы восточных католических церквей как канонических и экклезиологических последствий униатства, являющегося препятствием к продолжению диалога. Со стороны Русской православной церкви негативное отношение к унии, результатом которой являются восточные католические церкви, усугубляется конфликтом между православными и греко-католиками на Западной Украине, сопровождающимся настойчивыми попытками иерархов Украинской греко-католической церкви добиться для неё от Ватикана статуса патриархата.