Многие рукописи Мануила, находившиеся в Москве и Ленинграде, в годы Великой Отечественной войны были утрачены. 16 сентября 1944 г. особое совещание НКВД СССР приняло решение об условно-досрочном освобождении Мануила. 4 октября он был доставлен в Москву, однако 6 октября патриарший местоблюститель митрополит Алексий (Симанский; c февраля 1945 г. – Патриарх Московский и всея Руси Алексий I) отказал ему в назначении на кафедру. С ноября 1944 г. Мануил находился в Тамбове в распоряжении Тамбовского архиепископа Луки (Войно-Ясенецкого). 14 февраля 1945 г. назначен правящим архиереем Чкаловской епархии (по кафедральному центру городу Чкалову (ныне Оренбург)), с июля 1945 г. носил титул «епископ Чкаловский и Бузулукский». 21 апреля 1946 г. был возведён в сан архиепископа. К моменту его назначения на Чкаловскую кафедру в епархии было только два храма, открытые в 1944 г. Мануил сразу приступил к активной работе по восстановлению в епархии полноценной церковной жизни. За два с половиной года его архиерейского служения на Чкаловской кафедре количество действующих храмов в епархии увеличилось до 21. Принимая представителей православных общин из разных районов Чкаловской области, Мануил предлагал им не ждать официального разрешения на открытие церкви или молитвенного дома, а благословлял их самим устраивать место для молитвы в подходящем помещении. Также архиерей поощрял в условиях отсутствия действующих церквей проведение богослужений священниками у себя на дому или в домах верующих. Усилия Мануила по возрождению церковной жизни в епархии вызвали недовольство Совета по делам Русской Православной Церкви. После доклада уполномоченного Совета по Чкаловской области от 27 июня 1946 г. о роли Мануила «в деле неофициального насаждения молитвенных домов в области» председатель Совета Георгий Григорьевич Карпов распорядился вызвать Мануила в Москву и указать ему на нежелательность подобных действий. Московская патриархия по требованию Совета по делам РПЦ была вынуждена направить в Чкаловскую епархию для проверки деятельности правящего архиерея Можайского епископа Макария (Даева). Во время пребывания в Чкалове Мануил начал работу над каталогом русских архиереев, составил «Патерик Оренбургский» (1946 г.), «Патерик Бузулукский» (1946 г.), «Алфавитный указатель имён всех русских святых, местночтимых подвижников и праведников благочестия с X в. до 1917 г.» (1947 г.), «Словарь русских святых и местночтимых (988 – XVII вв.)» (1947 г., три части) и написал ряд других работ. 4 сентября 1948 г. арестован в Чкалове по обвинению в организации антисоветских групп, в вину ему также ставилась дискредитация власти организацией благотворительных обедов. Признал себя виновным. 16 апреля 1949 г. приговорён к десяти годам исправительно-трудовых лагерей. Отбывал срок заключения в Дубравном лагере (Дубравлаг, Особый лагерь №3) близ посёлка Явас Мордовской АССР. Был занят на плетении рыболовных сетей, работал каптёром. 11 декабря 1955 г. освобождён по амнистии. 21 декабря того же года назначен временно управляющим Чебоксарской епархией. 7 февраля 1956 г. утверждён архиепископом Чебоксарским и Чувашским. В период пребывания в Чебоксарах активно работал над собранной им огромной картотекой архиереев (на 2,2 тыс. человек). К концу 1956 г., в основном, закончил составление «Каталога обновленческих архиереев» и «Каталога русских православных архиереев периода с 1897 по 1957 гг.».