Мануил был назначен управляющим Петроградской епархией. Вручая епископский жезл, Тихон (Беллавин) напутствовал новопоставленного архиерея: «Посылаю тебя на страдания, ибо кресты и скорби ждут тебя на новом поприще твоего служения, но мужайся и верни мне епархию». 29 сентября 1923 г. Мануил прибыл в Петроград. Четыре месяца, в течение которых он управлял Петроградской епархией (до февраля 1924 г.), стали наиболее ярким и по-своему героическим периодом в его биографии. С первых дней пребывания в Петрограде Мануил выступал смелым обличителем обновленческого раскола, возглавив широкое движение верующих против обновленцев, стремительно терявших свои позиции в городе. Уже в октябре 1924 г. бо́льшая часть приходов вернулась под омофор патриарха Тихона (Беллавина). Всего за время управления Мануилом епархией из обновленчества вернулись 83 петроградских прихода, Александро-Невская в честь Святой Троицы лавра (29 октября 1923 г.) и Воскресенский Новодевичий монастырь. Мануил действовал с большой энергией: служил литургию почти каждый день, по праздникам совершал богослужения три раза в разных городских храмах. За каждым богослужением произносил проповеди в защиту патриаршей церкви и против обновленцев. Им был введён особый «чин покаяния» возвращавшихся из обновленчества иереев, утверждённый патриархом. Мануил назначил своих ближайших помощников (архимандрита Серафима (Протопопова), протоиереев Николая Вертоградского, Сергия Тихомирова и Иоанна Благодатова) духовниками четырёх округов, на которые был разделён город. Они принимали публичное покаяние у возвращавшегося из обновленчества духовенства и выступали с проповедями в храмах. За время «мануиловщины», как называли обновленцы период управления Мануилом Петроградской епархией, их движение там пришло в полный упадок. В декабре 1923 г. в патриаршую церковь перешёл даже глава обновленческой Петроградской епархии «митрополит» Артемий (Ильинский; бывший Лужский епископ, впоследствии архиепископ), который после покаяния в нескольких храмах ушёл на покой. Восстановление позиций обновленчества в Петрограде стало возможным только после ареста Мануила, чему обновленцы активно способствовали. Решительно борясь с обновленчеством, Мануил одновременно предпринимал попытки нормализовать отношения с государственными властями. В октябре 1923 г., вскоре после прибытия в Петроград, он посетил местные органы власти, работавшие с религиозными организациями (губерниский исполком, прокуратуру, губернский отдел ГПУ), дал обязательства действовать в рамках советских законов. В ноябре того же года Мануил встречался в Москве с заместителем наркома юстиции Петром Ананьевичем Красиковым, начальником восьмого отделап проведению в жизнь декрета «Об отделении церкви от государстве и школы от церкви» Наркомата юстиции, чтобы выяснить условия, при которых возможна легализация деятельности православной церкви. В декабре 1923 г. – январе 1924 г. Мануил пытался добиться от петроградских властей согласия на организацию епархиальной канцелярии, но не получил на это разрешения. Несмотря на заверения Мануила о полной лояльности к советской власти, ОГПУ выражало беспокойство по поводу успехов его борьбы против обновленцев.