В январе-феврале 1921 г. уволен с обеих должностей как служитель религиозного культа. Поступил на службу конторщиком административной службы в управление Муромской железной дороги в Петрограде. В январе 1922 г. был уволен. В 1921–1923 гг. преподавал Священное Писание Ветхого Завета на богословских пастырских курсах в Петрограде. В это время Мануил был мало известен в образованной церковной среде, однако его благотворительная деятельность создавала ему популярность среди бедных слоёв населения. «К нему на исповедь шли простые, обиженные судьбой люди. К нему льнул «мелкий люд», которого так много было тогда в Питере – кухарки, почтальоны, кондукторы, – они знали, что у него они всегда найдут слово утешения и помощи – у этого сгорбленного иеромонаха с быстрыми, порывистыми движениями, с громким молодым голосом». После попытки в мае 1922 г. захвата церковной власти обновленческим Высшим церковным управлением возглавляемый Мануилом приход, один из немногих в Петрограде, оставался в патриаршей церкви. 29 июня того же года Мануил был арестован по делу петроградских православных братств. Находился в Доме предварительного заключения (бывшая Шпалерная тюрьма), затем во втором исправительном доме (бывшая Пересыльная тюрьма). Дал сведения о руководстве православных братств Петрограда. 18 августа освобождён под подписку о невыезде. 14 сентября решением Петроградского губотдела ГПУ дело Мануила было прекращено. В конце октября 1922 г. был вновь арестован, но вскоре освобождён. В августе 1923 г. из-за закрытия Николаевской церкви перешёл с членами Спасского братства в храм во имя святых Космы и Дамиана. К тому времени были арестованы и высланы из Петрограда все не признававшие обновленцев викарные епископы, которые управляли епархией после казни Петроградского митрополита Вениамина (Казанского; ум. 13 августа 1922 г.); из 123 городских приходов 115 пребывали в обновленчестве. Между тем освобождение в Москве в июне 1923 г. из заключения патриарха Московского и всея России Тихона (Беллавина) создавало возможности для возрождения канонической Петроградской епархии. По имеющимся сведениям, в патриархии намечалось назначение на Петроградскую кафедру Волоколамского епископа Феодора (Поздеевского), однако епископ Феодор отказался от назначения. Отказались от управления Петроградской епархией и другие архиереи, опасавшиеся преследований со стороны советских властей, активно поддерживавших обновленцев. В таких условиях авторитетные в Петрограде церковные деятели протоиерей Михаил Прудников и Леонид Дмитриевич Аксёнов (арендатор бывшего епархиального свечного завода, близкий знакомый патриарха Тихона) предложили Мануила в качестве кандидата в епископы. 21 сентября 1923 г. в Даниловском во имя преподобного Даниила Столпника московском мужском монастыре он был возведён епископом Феодором (Поздеевским) в сан архимандрита. В тот же день в Михайловской церкви московского Донской иконы Божьей Матери мужского монастыря состоялось наречение Мануила во епископа Лужского, викария Петроградской епархии. Хиротонию 23 сентября того же года в московском храме во имя Димитрия Солунского на Благуше возглавил патриарх Тихон (Беллавин).