В обращениях к следствию Мануил частично признал вину в предъявленных ему обвинениях и просил опубликовать в газетах сообщение «о моём чистосердечном раскаянии перед Советской властью в тех проступках, кои послужили причиной моего ареста». Мануил просил о своём освобождении, а также об освобождении других обвиняемых, «вина коих проистекала из моих поступков или тесно переплеталась с моей виной». 26 сентября 1924 г. особое совещание при Коллегии ОГПУ приговорило Мануила за «антисоветскую агитацию и пропаганду», а также за «распространение в контрреволюционных целях ложных слухов» к трём годам исправительно-трудовых лагерей. 22 октября того же года он был отправлен в Соловецкий лагерь особого назначения (СЛОН), где работал библиотекарем, был сотрудником Соловецкого общества краеведения. Во время заключения Мануил написал работы «Соловецкий некрополь», «Соловецкие письма о епископстве», «Новый Соловецкий патерик», «Соловецкие синодики. Их образование в период XV–XVII вв. Состав их и судьба их в Русской Церкви». Поддержал «Декларацию» 1927 г. заместителя патриаршего местоблюстителя митрополита Сергия (Страгородского; впоследствии патриарх Московский и всея Руси). Согласно постановлению особого совещания при Коллегии ОГПУ от 16 сентября 1927 г. был освобождён из лагеря с ограничениями права проживания в ряде мест. В конце того же года выехал с Соловков, но был задержан в пересыльном пункте в городе Кемь из-за обнаруженных у него при обыске рукописей. Находился в заключении в лагерном отделении в Кеми до начала февраля 1928 г., после чего был этапирован в Москву и помещён в Бутырскую тюрьму, затем в тюремную больницу. Вскоре освобождён под подписку о невыезде, проживал на территории московского Данилова монастыря. Постановлением особого совещания при Коллегии ОГПУ от 9 марта 1928 г. Мануилу было разрешено свободное проживание на всей территории СССР. Согласно материалам ряда следственных дел, с конца 1920 гг. давал обязательства о секретном сотрудничестве с органами ОГПУ (позднее НКВД), что не спасало его от арестов. 25 апреля 1928 г. назначен епископом Серпуховским, викарием Московской епархии. Вскоре был направлен заместителем патриаршего местоблюстителя в Ленинград, чтобы поддержать назначенного Ленинградским митрополитом Серафима (Чичагова) в борьбе с иосифлянством. Пробыл в Ленинграде пять дней (28 апреля – 2 мая), совершал в храмах совместные богослужения с митрополитом Серафимом (Чичаговым), произносил проповеди с обличением руководителей иосифлянского движения как «разрушителей церковного единства», оправдывал наложенные на них митрополитом Сергием (Страгородским) запрещения. Однако при этом Мануил с уважением отзывался о своих оппонентах. Так, в проповеди 29 апреля в Троицком соборе он говорил: «Отпали, откололись наилучшие пастыри, которые своей непорочностью в борьбе с обновленчеством стояли много выше других». В Ленинграде Мануил провёл переговоры с представителями иосифлян во главе с протоиереями Василием Верюжским и Феодором Андреевым, на которых сторонам не удалось прийти к согласию. 5 мая того же года Мануил прибыл в Серпухов, который был главным центром иосифлянства в Подмосковье. К тому времени к иосифлянскому движению присоединились 12 из 18 серпуховских приходов.