В информационной сводке VI (антицерковного) отделения Секретного отдела ОГПУ от 1 января 1924 г. о ситуации в Петроградской губернии говорилось, что «поставленный патриархом Тихоном епископ Мануил открыто громит обновленцев..., ежедневно можно видеть освещение бывших обновленческих церквей и переход их к Тихоновщине». В сводке отмечалось, что петроградские обновленцы «в данный момент никакой активной работы не ведут..., а этим временем Тихоновщина всё усиливается и укрепляется». 2 февраля 1924 г. Мануил был арестован в Ленинграде органами ОГПУ, содержался в Доме предварительного заключения. Вместе с ним по одному следственному делу было арестовано ещё 42 человека из числа петроградского духовенства и мирян. Мануил был обвинён в привлечении к епархиальному управлению монархически настроенных лиц, ведении антисоветской агитации во время проповедей и публичных выступлений, а также в «организации нелегального братства». На допросах Мануила присутствовал прибывший в Петроград начальник VI отделения Секретного отдела ОГПУ Евгений Александрович Тучков. В марте 1924 г., находясь в тюрьме, Мануил написал на имя председателя ЦИК СССР Михаила Ивановича Калинина и заместителя наркома юстиции П.А. Красикова «Декларацию по вопросу о взаимоотношении Российской Православной Церкви и советской власти “Новые пути Церкви”». Мануил писал, что поддерживает Октябрьскую революцию 1917 г. как «приближение к христианскому идеалу». По его мнению, благодаря советской власти «Россия, ставшая в государственной жизни на путь приближения к идеалу людей, является самой удобной ареной для углубления и осуществления христианских заветов». Мануил писал, что церковь должна прекратить любое, даже косвенное вмешательство в государственную жизнь и передать государству все свои ценности. До созыва поместного Собора, считал Мануил, следовало на время отложить все разногласия между патриаршей церковью и обновленцами. Созванный с разрешения советских властей поместный Собор должен был «выработать схемы новой организации Российской Христовой Церкви, реформу приходской общины, регламентировать новые формы быта духовенства (ношение светского платья и проч.), решить вопросы об уничтожении всяких наград для духовенства, об упрощении внешней формы богослужения, с приближением её к древнехристианскому, с упразднением пережитков царского византизма». Также поместный Собор должен был «определённо выявить своё отношение к главе Православной Российской Церкви», т.е. «обсудить вопрос о предании формальному суду Св[ятейшего] Патриарха или о прощении ему всех упущений и ошибок по церковному водительству». Мануил писал, что предлагаемые им «новые церковные пути... ни в коем случае не являются нарушением незыблемости канонов Православной Вселенской Церкви и православно-христианской догматики» и «зиждутся на безусловном признании существующего ныне патриаршего строя Российской Церкви во главе с Патриархом», хотя многие положения его «декларации» имели сходство с заявлениями обновленцев, пытавшихся в это время при поддержке властей добиться «объединения» церкви на своих условиях. Мануил заканчивал «декларацию» словами: «Обновлённая и реорганизованная церковная жизнь должна безоговорочно принять существующий государственный строй, памятуя завет апостольский “несть же власть, аще не от Бога”».