Однако уже в IX в. насельники Монте-Кассино считали, что мощи святого Бенедикта по-прежнему покоились в их монастыре; некоторые авторы утверждали, что в Галлию увезли лишь часть мощей, другие писали о возвращении реликвий франками по требованию папы Римского. Противоречивые сведения о мощах святого Бенедикта привели к полемике между монахами Флёри и Монте-Кассино, которая достигла кульминации в XI–XII вв. Впоследствии французские бенедиктинцы, например, Жан Мабильон, Ф. Шамар и А. Леклерк, отстаивали версию о перенесении мощей в Галлию, тогда как итальянские церковные исследователи, напротив, считали эти сведения неполными или недостоверными. Так, монах Луиджи Тости в «Истории аббатства Монтекассино» почти не уделил внимания франкской традиции, которую считал вымышленной. Вопрос о мощах святых Бенедикта и Схоластики вновь привлёк внимание исследователей после возрождения монашеской жизни в аббатстве Флёри (1944 г.). В 1950 гг. было проведено исследование мощей из Флёри, среди которых выделили останки двух человек: мужчины крепкого телосложения, рост около 1,6 м, прожившего не меньше 75 лет, и престарелой женщины, рост около 1,5 м. Были исследованы также мощи святой Схоластики из монастыря Жювиньи в Лотарингии (они были перенесены туда в 873 г. из Ле-Мана); анализ подтвердил их идентичность женским останкам из аббатства Флёри. Полученные данные не противоречили сведениям о святом Бенедикте и его сестре и о перенесении их мощей в Галлию, во время которого останки обоих святых были перемешаны. В 1950–1951 гг. были изучены мощи святых Бенедикта и Схоластики, хранившиеся в Монте-Кассино; результаты их исследования также не противоречили историческим сведениям о святых подвижниках. Согласно Павлу Диакону, при папе Григории II в Рим прибыл Петронакс, житель Бриксии (ныне Брешиа). Понтифик предложил ему поселиться на месте, где находился Кассинский монастырь и где был похоронен святой Бенедикт. Жившие там отшельники избрали Петронакса аббатом. Приняв «святой устав» и «установления блаженного Бенедикта», он приступил к восстановлению монастыря. Согласно историческим произведениям XI–XII вв., папа направил в Монте-Кассино латеранских монахов, которые якобы сохранили устав и традиции святого Бенедикта. Аббат Петронакс восстановил и расширил монастырскую церковь святого Мартина, в которой поместил реликвии мучеников, принесённые из Бриксии. Также в поздних текстах сообщается о помощи, которую оказали Петронаксу братья Пальдон, Тасон и Татон, незадолго до того основавшие монастырь святого Винцентия (Сан-Винченцо-аль-Вольтурно, провинция Изерния).