Наиболее значительной по числу и наиболее разумной части утопийцев Томас Мор приписывает веру в «единое божество, вечное, неизмеримое, неизъяснимое, которое выше понимания человеческого рассудка, разлито по всему этому миру силой своей, а не огромностью». Томас Мор объявляет всех утопийцев имплицитно или эксплицитно исповедующими монотеизм, поскольку даже те, кто почитают многих богов или называют единого бога по-разному, признают, что есть «единое высшее существо, которому люди обязаны и сотворением всего мира, и провидением». Именно почитанием этого существа, Митры (Томас Мор использует имя индоиранского божества), ограничивается общественный культ, тогда как почитание других божеств возможно только на индивидуальном уровне. Подобная философская религия намеренно отделяется у Томаса Мора от исторического христианства, которое признаётся лишь «согласующимся» с ней. Аналогичная концепция относительности христианства впоследствии была развита в рамках деизма. Основой религиозной политики является веротерпимость: граждане могут исповедовать любую религию, однако не могут нападать на чужие религии и объявлять их ложными. Томас Мор приводит пример христианского проповедника, который был изгнан из Утопии за то, что «он не только предпочитал христианские святыни прочим, но и вообще осуждал все прочие», а тем самым «возбуждал смуту в народе». Томас Мор подчёркивает, что миссионерское обращение в другую религию в Утопии допускается, однако оно должно происходить путём представления разумных доводов, без какого-либо принуждения, насилия или оскорблений. Однако религиозная терпимость в Утопии не простирается на прямой атеизм: запрещается учить о смертности душ, об отсутствии божественного промышления о мире, о несуществовании посмертного воздаяния. Думающие так, по словам Томаса Мора, в Утопии «не считаются за людей»; они лишаются гражданских прав, в том числе права публично выражать свои взгляды. Из описания священников в «Утопии» видно, какие церковные реформы Томас Мор считал допустимыми и желательными: священников немного, они избираются гражданами, ведут высоконравственную жизнь, освобождены от подсудности светской власти и полностью независимы в религиозной деятельности; священниками могут быть женщины. Выраженные в «Утопии» представления об общественном значении религии определяются тенденцией рассматривать её с точки зрения её полезности для индивидуальной нравственности и общественного порядка; осуждается только то, что может привести к волнениям в обществе или подорвать исполнение человеком его морального долга. Подобное прагматичное отношение к религии было свойственно и самому Томасу Мору: в своей позднейшей деятельности, в том числе в борьбе с протестантским влиянием в Англии, он руководствовался явно выраженным в «Утопии» убеждением, что функцией христианской церкви является обеспечение порядка и нравственности в обществе, поэтому любое посягательство на существующую законную церковь есть призыв к беспорядкам, разрушительно влияющий на всю общественную жизнь. Сочинение Томаса Мора, выдержавшее множество изданий на латыни и уже в XVI в. переведённое на многие европейские языки, стало предшественником и образцом для нового жанра – художественных или философских утопий, изображающих идеальные сообщества, а также дистопий, в которых представлялись признаваемые авторами не положительными, а отрицательными формы устройства общества.