В 1866 г. действующими оставались четыре монастыря, в которых подвизались 15 братьев; крупнейшим из них был монастырь бернардинцев в Аглоне (ныне Латвия). Многие католические церкви были закрыты и в большинстве случаев переданы православным. В 1866 г. упразднено Каменецкое католическое епископство; приходы Подольской губернии включены в состав Луцко-Житомирского католического епископства. В 1869 г. приходы Минского католического епископства были присоединены к Могилёвскому католическому архиепископству. С 1882 г. по соглашению между Россией и Папским престолом обе упразднённые епархии управлялись ординариями соседних диоцезов в качестве апостольских администраторов. Во второй половине XIX в. получили распространение тайные католические монашеские конгрегации, действовавшие под видом сиротских приютов. Так, в Санкт-Петербурге на Васильевском острове с 1858 г. под видом приюта в доме баронессы Стеллы (Зои) Романовны Мейендорф существовала католическая монашеская община Сестёр Семьи Марии; в ноябре того же года там была освящена католическая часовня. Деятельность монашеской конгрегации при благотворительном заведении тщательно скрывалась его попечительским советом. В 1862 г. Могилёвский архиепископ-митрополит Вацлав Жилинский дал благословение на деятельность в Санкт-Петербурге женской монашеской конгрегации Сестёр святого Иосифа из Шамбери (в 1889 г. в России насчитывалось четыре обители, где подвизались 22 монахини из этой конгрегации). В некоторых городах действовали тайные так называемые гоноратские конгрегации, основанные капуцином Гоноратом Козминским: Дочерей Пречистого Сердца Пресвятой Девы Марии (с 1893 г.), Сестёр Святейшего Имени Иисуса (с 1892 г.), а также мужская конгрегация Братьев Долористов (с 1902 г.). Также в России действовали монашеские конгрегации Сестёр святой Екатерины (с 1879 г.), Сестёр от Ангелов (с 1895 г.), Миссионерок святого Семейства (с 1903 г.). В 1873 г. папа Римский Пий IX (1846–1878 гг.) бреве «Ex parte imperialis gubernii» дал согласие на перенесение резиденции Могилёвского архиепископа-митрополита, а также капитула и консистории из Могилёва в Санкт-Петербург с сохранением за архиепископом-митрополитом титула «Могилёвский». В 1873 г. статус митрополичьего прокафедрального собора получил построенный в столице рядом с резиденцией архиепископа-митрополита католический собор Успения Пресвятой Девы Марии. В соответствии с императорским указом «Об укреплении начал веротерпимости» (17 апреля 1905 г.) была провозглашена свобода вероисповедения, благодаря чему католики получили возможность более активно участвовать в общественной жизни. В 1905 г. под руководством архиепископа Ежи Шембека собрался первый синод Могилёвской церковной провинции, на котором было составлено заявление в защиту прав католической церкви в России. Заседания следующих синодов Могилёвской митрополии прошли в 1911 г. и в апреле 1917 г. Однако российские власти (как и прежде) подозревали католическое духовенство в политической нелояльности. Так, в 1907 г. за сопротивление политике русификации из Вильны был выслан Эдуард фон Ропп, епископ Виленский (с 1917 г. – архиепископ Могилёвский).