28 апреля (9 мая н.с.) 1798 г. император подписал указ, согласно которому Римско-католическая церковь в Российской империи должна была состоять из пяти епископств (Виленского, Минского, Луцкого, Каменецкого и Самогитского) и Могилёвского католического архиепископства. Во главе Виленского епископства был поставлен Ян Коссаковский, Минского – Якуб Дедерко, Луцкого – Каспер Казимир Цецишовский, Каменецкого – Ян Дембовский, во главе Самогитского епископства остался Ян Стефан Гедройц (с 1778 г.). Могилёвскую кафедру (как и раньше) занимал архиепископ Станислав Богуш-Сестренцевич (Национальный исторический архив Беларуси). Тем же указом предусматривалось наличие в каждой католической епархии вспомогательного епископа (епископа-суффрагана), а в Могилёвском архиепископстве – трёх вспомогательных епископов для викариатов (так называемых суффраганатов) Могилёвского, Киевского и Полоцкого. В каждом епископстве должна была действовать консистория во главе с оффициалом. После ряда консультаций, проведённых с участием нунция в Санкт-Петербурге, Лоренцо Литта был вынужден подтвердить проведённые императором преобразования. Декретом «Ad majorem fidei Catholicae exaltatione» от 7 августа 1798 г. подтверждалось подчинение Могилёвской архиепископской кафедре Луцкого, Виленского и Самогитского католических епископств, выделенных из церковной провинции Гнезно, и Каменецкого епископства, выделенного из Львовского архиепископства, основывалось Минское католическое епископство (подробнее см. ст. Минско-Могилёвское католическое архиепископство). Декретом «Apostolica et pastoralis sollicitudine» также от 7 августа 1798 г. архиепископу-митрополиту помимо Могилёва дозволялось иметь резиденцию в Киеве. Резиденцией епископа Луцкого, а также местом постоянного пребывания епархиальной семинарии и капитула Луцкого епископства провозглашался Житомир. Папа Пий VI буллой «Maximis undique pressi calamitatibus» от 17 ноября 1798 г. утвердил декреты своего нунция. Спустя год император Павел I, недовольный отказом Пия VI утвердить его в должности великого магистра Мальтийского ордена, разорвал отношения с Папским престолом и выслал за пределы России папского нунция Лоренцо Литту. Полномочия официального представителя папы Римского в России были переданы Могилёвскому архиепископу-митрополиту. К 1799 г. Станислав Богуш-Сестренцевич обладал фактически наивысшей властью в католической церкви на территории Российской империи: возглавлял государственный орган, контролировавший деятельность католических структур в России, ему, как митрополиту, подчинялись епископы шести католических диоцезов, в его юрисдикции находились католическое монашеские Ордены, действовавшие на территории России (согласно принятым 3 (14 н.с.) ноября 1798 г. императорскому указу «Об уничтожении съездов монахов римско-католического исповедания на капитулы для избрания чинов в разные монастырские должности; о предоставлении архиереям как определения в сии должности, так и права осматривать монастыри и церкви» и «Регламенту для церквей и монастырей римско-католического исповедания в Российской империи»).