Один из первых законодательных актов императора Павла I (1796–1801 гг.), регулировавший государственно-церковные отношения, был направлен на усиление государственного контроля над католическими структурами. 26 февраля (9 марта н.с.) 1797 г. Павел I подписал указ о создании при Юстиц-коллегии Лифляндских, Эстляндских и Финляндских дел Департамента по римско-католическим делам, который должен был стать второй судебной инстанцией после консистории: только после прохождения слушаний в Юстиц-коллегии можно было подать апелляцию в Сенат. Председателем Юстиц-коллегии был назначен лютеранин по исповеданию Карл Александрович фон Гейкинг (1751–1809 гг.). Могилёвский архиепископ Станислав Богуш-Сестренцевич отправил К.А. фон Гейкингу письмо, в котором напомнил о своём прямом подчинении Сенату, а не Юстиц-коллегии (о письме стало известно императору, что послужило причиной его недовольства). Несмотря на это, католический иерарх присутствовал на коронационных торжествах и принимал Павла I в Орше (начало мая 1797 г.) во время его поездки по Восточной Белоруссии. Станислав Богуш-Сестренцевич поддержал приговор к смертной казни католических монахов, членов так называемой Виленской ассоциации, которые занимались вербовкой солдат на службу в польские легионы, сражавшиеся на стороне Франции, и сбором денег для них. Готовность архиепископа к сотрудничеству была отмечена императором Павлом I, который в январе 1798 г. наградил его орденом святого Александра Невского. Императорским указом от 26 января того же года Департамент по римско-католическим делам фактически был выведен из-под контроля Юстиц-коллегии («Полное собрание законов Российской империи», том 25). Могилёвский архиепископ стал его президентом; император Павел I пожаловал ему достоинство митрополита с разрешением пребывать в Санкт-Петербурге. Департамент состоял из трёх представителей католического духовенства, трёх светских заседателей, прокурора, двух секретарей и канцелярии. В марте 1797 г. в Россию прибыл нунций Лоренцо Литта. На встрече с канцлером Иваном Андреевичем Остерманом и вице-канцлером Александром Борисовичем Куракиным нунций передал ноту папы Римского Пия VI, который выражал надежду на то, что российский император проявит по отношению к католикам истинную веротерпимость, сохранит привилегии Римско-католической церкви и неприкосновенность её владений, не будет проводить территориально-административных преобразований и сохранит по возможности в прежнем виде все существовавшие епархии обоих обрядов, целиком или частично вошедшие в состав империи. Пий VI особо настаивал на соблюдении принципа главенства Римского понтифика в управлении церковью: именно папа Римский должен назначать и утверждать католических епископов; без его канонической санкции епископы не могут пользоваться своей властью. Позиция Папского престола не была поддержана ни архиепископом Станиславом Богушем-Сестренцевичем, выступавшим за создание в границах Российской империи церковной провинции с примасом во главе, ни императором Павлом I.