В конце марта 1803 г. в Санкт-Петербург прибыло посольство, возглавляемое нунцием Томмазо Ареццо. Однако все попытки нунция вмешаться в конфессиональную политику пресекались; Томмазо Ареццо был выслан из России, а 10 (22 н.с.) августа 1804 г. легатом папы Римского в России был признан архиепископ-митрополит Могилёвский («Полное собрание законов Российской империи», том 28). В начале 1810 гг. в связи с попытками государственных реформ в духовной сфере, имевших целью объединить управление всеми конфессиями империи в одном ведомстве, положение архиепископа изменилось. 17 (29 н.с.) августа 1810 г. было создано Главное управление духовных дел иностранных исповеданий («Полное собрание законов Российской империи», том 31); в состав первого отделения (для католиков и униатов), которое возглавил П.Я. Невяровский, вошла Римско-католическая духовная коллегия, но из её ведения были изъяты надзор за семинариями и монастырями, охрана духовных имений и разбор кассационных дел. Участие католического духовенства в войне 1812 г., а также противодействие папы Римского Пия VII политическим мероприятиям российского императора привели императора Александра I к мысли о необходимости большей независимости католической церкви в России от Папского престола. После смерти в августе 1815 г. Виленского епископа Иеронима Стойновского администратором Виленского диоцеза был назначен Станислав Богуш-Сестренцевич (16 (28 н.с.) мая 1816 г.). Через своего посла при Папском престоле барона Фёдора Васильевича (Дидерика Якоба) Тейля ван Сераскеркена император Александр I пытался добиться учреждения в Российской империи католической церковной провинции во главе с примасом (им должен был стать архиепископ Станислав Богуш-Сестренцевич), центр которой находился бы в Вильне. 3 сентября 1816 г. последовал официальный отказ папы Римского (главной причиной называлось участие архиепископа в деятельности Библейского общества (см. Российское библейское общество), не признанного папой). Отказ папы Римского изменить статус католических структур в Российской империи совпал с кардинальным изменением конфессиональной политики государства. 24 октября (5 ноября н.с.) 1817 г. было создано Министерство духовных дел и народного просвещения во главе с князем Александром Николаевичем Голицыным; делами католиков ведало второе отделение первого департамента министерства, которому была подчинена Римско-католическая духовная коллегия. Второе отделение подразделялось на три стола: первый стол занимался организационными вопросами и церковными назначениями, второй стол – духовными учебными заведениями и монастырями, третий стол – доходами и имущественными делами. Одновременно начались гонения на иезуитов, выступавших против подчинения государству католической церкви в России. В 1815 г. по представлению князя А.Н. Голицына иезуиты были высланы из Санкт-Петербурга и Москвы, находившиеся под управлением Ордена учебные заведения закрыты. Летом 1816 г. началась подготовка к высылке иезуитов из империи (из 358 находившихся в России иезуитов выйти из Ордена и остаться в стране согласились 19 человек – Наиональный исторический архив Беларуси). Могилёвский архиепископ выступил против новой политики.