Католический иерарх предложил наделить его статусом примаса и создать церковную католическую провинцию с центром в Вильне. Весной 1798 г. император обратился к папе Римскому с просьбой возвести Станислава Богуша-Сестренцевича в достоинство кардинала. 15 марта 1799 г. папа Пий VI разрешил Могилёвскому архиепископу-митрополиту носить пурпурное кардинальское одеяние без наделения его кардинальским титулом. 27 апреля (8 мая н.с.) император вновь обратился к папе Римскому Пию VI с просьбой о кардинальском титуле для Станислава Богуша-Сестренцевича; письмо понтифику должен был передать фельдмаршал Александр Васильевич Суворов, командовавший российскими войсками в Италии. Ответа из Рима не последовало. В это же время из-за жалоб иезуитов на злоупотребления в Департаменте по римско-католическим делам 15 (26 н.с.) ноября 1800 г. Станиславу Богушу-Сестренцевичу было приказано покинуть Санкт-Петербург и поселиться в местечке Буйничи (ныне деревня Могилёвского района и области), а затем в Молятичах (ныне деревня Кричевского района Могилёвской области). В период опалы Станислава Богуша-Сестренцевича его функции архиепископа-митрополита Могилёвского выполнял епископ-коадъютор Ян (Иван) Бениславский. Под влиянием иезуитов (прежде всего, Габриеля Грубера, генерала Ордена в 1802–1805 гг.) император отменил действие «Регламента» от 3 (14 н.с.) ноября 1798 г. и вывел католические монашеские Ордены из подчинения епископам («Высочайше утвержденные пункты об управлении римско-католическим духовенством в России» от 11 (23 н.с.) декабря 1800). По просьбе императора Павла I папа Римский Пий VII (1800–1823 гг.) признал Орден иезуитов в границах Российской империи (бреве «Catholicae fidei» от 7 марта 1801 г.). Императорским указом от 11 (23 н.с.) октября 1800 г. иезуитам поручалось попечение об образовании юношества в западных губерниях Российской империи; Ордену возвращались их прежние учебные заведения. В 1806 г. при Виленском университете была учреждена, а в июне 1808 г. открыта Главная семинария для подготовки римско-католического и униатского духовенства (см. в ст. Академии духовные католические в России). Создание высшего учебного заведения, не подчинявшегося архиепископу-митрополиту Могилёвскому, а находившегося в ведении Ордена иезуитов, вызвало недовольство Станислава Богуша-Сестренцевича: он несколько раз предпринимал попытки упразднить семинарию. После прихода к власти императора Александра I (1801–1825 гг.) Станислав Богуш-Сестренцевич вернулся из ссылки. Указом от 13 (25 н.с.) ноября 1801 г. были проведены преобразования в управлении структурами Римско-католической церкви на территории Российской империи: вместо Департамента по римско-католическим делам создавалась Римско-католическая духовная коллегия, непосредственно подчинённая Сенату; председателем коллегии назначался архиепископ-митрополит Могилёвский; его заместителями были епископ и прелат, кандидатуры которых утверждал император; асессорами были представители шести католических епископств (по одному от диоцеза, избирались кафедральными капитулами из числа прелатов или каноников сроком на три года). Реформы российского правительства вызвали беспокойство в Риме.