Далеко не все клирики, рукоположенные или вернувшиеся к церковному служению в оккупационный период, смогли получить регистрацию в послевоенный период. В 1944 г. к 45 действующим храмам добавились два, в 1945 и 1947 гг. – ещё по одному (в 1947 г. по ходатайству архиепископа Василия (Ратмирова) зарегистрирован приход в Кричеве, настоятель которого священник Иосиф Янович с 1945 г. добивался регистрации). Трём общинам в тот же период было отказано в регистрации, их храмы были закрыты (в 1947 г. закрыты храмы в сёлах Беседовичи Хотимского района, Куликово Мстиславского района). В условиях антирелигиозной кампании 1948–1953 гг. упразднение церквей и снятие с регистрации священнослужителей стали систематическими. В 1948 г. были закрыты храмы в сёлах Браково Могилёвского района и Селецкое Костюковичского района. В 1949 г. упразднён бывший монастырский храм с чудотворной иконой Божьей Матери в селе Борколабово Быховского района, закрыты церкви в посёлке Мошенаки Могилёвского района и в селе Самотеевичи Костюковичского района. В 1950 г. прекратилось богослужение в церквах в сёлах Барсуки Шкловского района, Веремейки Чериковского района, Гладково Чаусского района и Прусино Костюковичского района. Число действующих храмов уменьшилось с 49 до 40. В Бобруйской области в 1948–1951 гг. число приходов уменьшилось с 43 до 35. Увеличение числа приходов Могилёвщины произошло в 1951 г., когда уполномоченным были взяты на учёт в качестве отдельных приходских общин два кладбищенских храма в Могилёве, которые раньше были приписными. К 1952 г. в Могилёвской области на регистрации состояли 42 общины РПЦ, служили 43 священника, два диакона, десять псаломщиков. В 1954 г. в связи с присоединением к Могилёвской области части Бобруйской области с Бобруйском число приходов возросло до 55, в клире состояли 62 священника и два диакона. В 1946 г. был уволен настоятель Трёхсвятительского собора в Могилёве протоиерей Алексий Трусевич, в прошлом один из лидеров обновленчества, в 1948 г. был уволен благочинный Климовичского округа Николай Василевский. Под руководством этих клириков в 1947 г. имела место попытка зарегистрировать через республиканского уполномоченного Совета по делам РПЦ в Минске независимую Белорусскую обновленческую епархию с центром в Могилёве. Архиепископ Василий (Ратмиров) лишил Трусевича сана. Благочинным Минского епархиального управления по Могилёвской области в 1946–1948 гг. был протоиерей Константин Радзивинович, в 1948 г. секретарём Минского епархиального управления по Могилёвской облсти и «надобластным благочинным» (должность введена архиепископом Василием (Ратмировым) для координации работы районных благочинных) стал настоятель Борисоглебского собора в Могилёве протоиерей Косма Раина, активный участник партизанского движения, служивший в период оккупации в Кобрине. В Климовичах Могилёвской области нелегально служил обновленческий священник Пётр Макаров, в 1948 г. областной уполномоченный под угрозой ареста запретил ему совершать богослужения. Власти боролись с незарегистрированными катакомбными общинами. В 1949 г. был закрыт нелегальный молитвенный дом на месте бывшего монастыря в посёлке Белыничи, который организовал запрещённый в служении архимандрит Марк (Седляр). В 1951 г. власти разогнали подпольный женский скит с молитвенным домом в Черикове во главе с монахиней Евфросинией (Безгеневич), где совершались богослужения мирянским чином. В посёлке Краснополье служил самозваный священник Макутенко, открывший храм в период оккупации.