Макутенко организовал и возглавил церковную «двадцатку» и просил власти зарегистрировать его общину, обращался к Минскому архиепископу Питириму (Свиридову) с просьбой о рукоположении, но получил отказ. В 1952 г. власти разгромили общину. В 1959 г. уполномоченный по Могилёвской области Я. Дроздов сообщил о деятельности в регионе бродячего проповедника, заштатного священника Григория Секача из Черниговской области, в 1958 г. снятого с регистрации и запрещённого в служении (Национальный архив Республики Беларусь). В Могилёвскую область движение его последователей пришло из Гомельской области. Часть приверженцев назывались шерстинцами (фёдоровцами – по имени протоиерей Феодора Рафановича), другие – секачёвцами. Тайные общины существовали в Быховском, Краснопольском, Славгородском районах. В 1958–1964 гг. число православных приходов в Могилёвской области уменьшилось с 55 до 23. Прекратилось богослужение в наиболее посещаемых храмах: в Трёхсвятительском соборе и храме Всех святых на кладбище в Могилёве (последний был снесён), в Никольском соборе в Бобруйске, в 1964 г. сгорел кладбищенский храм святой Софии в Бобруйске. Единственным действующим храмом в Могилёве остался Борисоглебский собор. В Бобруйске во временном молитвенном помещении располагался Николо-Софийский храм. 17 июля 1968 г. упразднили общину в селе Пацева Слобода Кировского района. Число православных приходов в Могилёвской области уменьшилось до 22 и не менялось до 1988 г. 28 августа 1984 г. Совет по делам религий дал разрешение на расширение здания Николо-Софийского храма в Бобруйске, что было первым подобным решением в практике уполномоченных Совета в Белоруссии. За три года храм был перестроен и освящён в 1988 г. митрополитом Минским и Слуцким Филаретом (Вахромеевым) как соборный. Первым приходом, возобновлённым в регионе после начала перестройки, стала община в Славгороде, зарегистрированная 29 декабря 1988 г.; инициатива открытия прихода исходила от мирян без участия духовенства. 14 апреля следующего года было решено вернуть церкви Александро-Невский храм в Мстиславле. 30 мая 1989 г. была зарегистрирована вторая община в Могилёве, получившая от властей здание Трёхсвятительского собора. В 1989 г. церкви были возвращены храмы в селе Телуша Бобруйского района, в посёлках Краснополье и Глуск, в Кричеве, в Чаусах, в селе Любоничи Кировского района, в деревне Ничипоровичи Шкловского района. В 1990 г. была зарегистрирована община в посёлке Белыничи. 6 июля 1989 г. Могилёвская и Мстиславская епархия была восстановлена в границах Могилёвской области, епархию возглавил архиепископ Максим (Кроха; ум. 27 февраля 2002 г.). При нём были восстановлены органы епархиального управления, учреждены новые благочиннические округа, открыты и освящены многие храмы, возрождены Свято-Никольский женский монастырь, братства и сестричества, возобновлено издание «Могилёвских епархиальных ведомостей». В 1992–1993 гг. в епархии прошли торжества прославления Георгия (Конисского). В связи с 275-летием со дня рождения архиерея власти Могилёва в 1992 г. установили на доме архиепископа мемориальную доску, в городе появился Архиерейский Вал Конисского. В 1997 г. в епархии действовали 52 церкви. Постановлением Синода Белорусской православной церкви от 4 июня 2002 г. на Могилёвскую кафедру был назначен епископ Софроний (Ющук). В 2004 г. из Могилёвской и Мстиславской епархии была выделена Бобруйская епархия. В 2015 г. завершилось строительство Спасо-Преображенского кафедрального собора в Могилёве – крупнейшего храма в епархии. Созданы братство в Могилёве, семь сестричеств. Издаются «Могилёвские епархиальные ведомости» и «Вестник Мстиславского благочиния».