12 января 1650 г. король Ян II Казимир, выполняя условия Зборовского договора с казаками (10 августа 1649 г.), издал универсал, по которому была возобновлена православная Могилёвская кафедра, не замещавшаяся с 1647 г. Под резиденцию архиерея был передан Спасо-Преображенский монастырь в Могилёве, который стал кафедральным. Епархия в универсале названа Могилёвской и Витебской, в её состав королевские комиссары должны были передать половину приходов Полоцко-Витебской униатской епархии. Согласно грамоте Киевского митрополита Сильвестра (Косова) от 1 июля 1650 г., Иосиф (Кононович-Горбацкий) получил титул «епископ Витебский, Мстиславский, Оршанский и Могилёвский, экзарший наместник» Киевского митрополита на литовских и белорусских землях. В ходе Русско-польской войны, когда русские войска заняли Полоцк (1654–1667 гг.), была восстановлена православная Полоцкая кафедра. В июне 1657 г. в Москве во епископа Полоцкого и Витебского был хиротонисан Каллист (Дорофеевич-Риторайский). Его власть распространялась на все земли Великого княжества Литовского, занятые русскими войсками, в том числе на земли Могилёвской епархии. 4 мая 1661 г. на Мстиславскую епархию в Москве был хиротонисан Мефодий (Филимонович). В ответ на это король Ян II Казимир 3 августа 1661 г. дал привилей на ту же кафедру Иосифу (Нелюбовичу-Тукальскому). В 1663 г. митрополит Иосиф (Нелюбович-Тукальский) назначил слуцкого архимандрита Феодосия (Василевича) митрополичьим наместником в Великом княжестве Литовском, т.е. в Могилёвской епархии. В 1670 г. Феодосий (Василевич) предложил папскому нунцию проект условий, на которых православные согласились бы подчиниться папе Римскому. Феодосий (Василевич) управлял белорусскими землями до смерти в 1678 г., получив в 1672 г. королевский привилей на Белорусскую кафедру как «епископ Мстиславский, Оршанский, и Могилёвский, и всеи Белой Руси», 20 апреля того же года он был хиротонисан во епископа; в 1676 г. привилей подтвердил король Ян Собеский. Преемник Феодосия (Василевича) на посту слуцкого архимандрита Феофан (Креховецкий) был назначен Киевским митрополитом Антонием (Винницким) митрополичьим наместником в Великом княжестве Литовском. В 1680 г. православные избрали во епископа Могилёвского Климента (Тризну), но он отказался принести присягу папе Римскому и не получил привилея на кафедру. В 1686 г. между Россией и Польшей был заключён договор о вечном мире, по которому, в частности, епархия Могилёвская (Белорусская) с монастырями Виленским, Минским, Полоцким, Оршанским и др. объявлялась неприкосновенной. Однако в 1689 г. король Ян Собеский дал привилей на Могилёвскую кафедру тайному униату Гедеону (Одорскому). Паства потребовала, чтобы Гедеон (Одорский) отправился для хиротонии к Киевскому митрополиту, в Киеве Гедеон (Одорский) перешёл в православие и остался в городе. В документах 1687 и 1690 гг. как наместник Белорусской епархии упоминается слуцкий архимандрит Серапион (Полховский). Он получил привилей от короля в 1697 г. и 30 авгста 1698 г. был хиротонисан в Киево-Печерском монастыре (см. Киево-Печерская лавра).