После ареста в мае 1922 г. патриарха Тихона (Беллавина) в епархии усилился обновленческий раскол (см. Обновленчество), к которому присоединился и Могилёвский архиепископ Константин (Булычёв). Он принёс покаяние, но в декабре 1925 г. вновь присоединился к раскольникам, на этот раз последовав за приверженцами Екатеринбургского архиепископа Григория (Яцковского). 27 июля 1922 г. в Могилёве состоялось первое собрание обновленческого духовенства, на нём к расколу присоединился Мстиславский епископ Варлаам (Ряшенцев), с июня 1922 г. управлявший Могилёвской епархией. 4 сентября 1922 г. епископ Варлаам (Ряшенцев) был назначен на обновленческую Могилёвскую кафедру. 17–19 мая 1923 г. в Могилёве обновленцы провели первый Белорусский областной церковный Собор, на котором попытались объединить свои силы в борьбе с духовенством, сохранившим верность патриарху Тихону (Беллавину). Эта попытка не удалась. Возведённый на этом соборе в сан митрополита архиепископ Серафим (Мещеряков) в сентябре 1924 г. оставил обновленчество и был принят патриархом Тихоном (Беллавинм) в общение с канонической церковью. В Могилёве «тихоновцы» и обновленцы имели свои епархиальные управления. Преодолению раскола в Могилёвской епархии активно способствовал гомельский благочинный протоиерей Павел Левашов. В 1923–1924 гг. по благословению патриарха Тихона (Беллавина) он принимал покаяние от обновленческих священников и присоединял их к православной церкви. В частности, благодаря ему 27 мая 1924 г. в РПЦ вернулось большинство клириков обновленческой Гомельской епархии (существовала с 1923 г.). По их просьбе между 27 мая и 17 июня 1924 г. была образована самостоятельная Гомельская епархия патриаршей церкви, отделённая от Могилёвской епархии. С 17 июня 1924 г. новообразованной епархией управлял вернувшийся из раскола Псковский и Порховский епископ Варлаам (Ряшенцев). 22 марта 1925 г. во епископа Гомельского был хиротонисан Тихон (Шарапов). В марте 1934 г. он был назначен на Череповецкую кафедру. В 1934–1935 гг. Гомельской епархией управлял епископ Серафим (Кокотов). После его ареста кафедра в Гомеле оставалась вакантной, приходы снова вошли в Могилёвскую епархию. Занявший Могилёвскую кафедру в апреле 1929 г. епископ Феодосий (Ващинский) выступил твёрдым противником белорусской автокефалии, провозглашённой в 1927 г. (см. в ст. Беларусь, Минская епархия). Наибольшее количество храмов епархии было изъято в пользу Советского государства в 1929–1930 гг. 3 января 1930 г. власти приняли решение о снятии всех колоколов с церквей в Могилёве. Весной 1929 г. в Могилёве у верующих была отнята Воскресенская церковь, затем закрыли Иосифовский собор, Спасскую, Трёхсвятительскую, Троицкую, Воскресенскую церкви. В середине 1930 гг. был закрыт Николаевский собор. В 1935 г. оставались действующими два православных храма.