С XVII в. обитель содержала больницу, которая в XVIII в. находилась в отдельном здании при храме Благовещения Пресвятой Богородицы. В 1682 г. царь Фёдор Алексеевич распорядился построить на территории монастыря одну из двух «шпитален по новым еуропским обычаям», чтобы «впредь по улицам бродящих и лежащих нищих не было». На содержание этой богадельни должен был использоваться доход Московского в честь иконы «Знамение» мужского монастыря, но проект не был реализован. Монастырь часто становился пристанищем ушедших на покой архиереев и архимандритов. В 1700–1708 гг. здесь проживал Рязанский и Муромский митрополит Авраамий, в 1748–1751 гг. – архиепископ Гавриил (Русской), в 1743–1755 гг. – епископ Лев (Юрлов), с 1898 г. – епископ Акакий (Заклинский), в 1752–1762 гг. в Московском в честь иконы «Знамение» мужском монастыре проживал Тифлисский митрополит Афанасий (Амилахвари) со своим штатом, Алавердский епископ Николай (Андроникашвили) и архимандриты нескольких грузинских монастырей. В Московский в честь иконы «Знамение» мужской монастырь регулярно присылали духовных лиц и раскольников для исправления и вразумления. До 1764 г. при монастыре содержались колодники и отставные военные со своими семьями (в 1737 г. их было восемь человек). Рост благосостояния обители после 1764 г. позволил ей заниматься благотворительностью. Освободившиеся от постоя кельи были приспособлены для бурсы, в 1780–1835 гг. Московский в честь иконы «Знамение» мужской монастырь неоднократно участвовал в сборе средств для помощи бедным и терпящим бедствия православным других стран. 9 октября 1900 г. при монастыре открылась церковноприходская школа на двадцать мальчиков. Её возглавил член Кирилло-Мефодиевского братства протоиерей Пётр Алексеевич Смирнов.