С больничными и посельскими старцами, управлявшими монастырскими вотчинами, число монашествующих достигало почти 70 человек. Среди братии заметное место занимали люди, близкие к царскому двору. В XVII в. в обители приняли монашество думный дворянин Борис Иванович Лихарев (в постриге Боголеп), родственники государева иконника Симона Ушакова, дьяки Пётр Дементьев Швартов и Козьма Леонтьевич Жуков. Исследователи полагают, что пострижеником обители был иконописец Иосиф Владимиров. В 1701 г. численность братии была ограничена 34 монахами и девятью слугами. В 1725 г. в обители проживали 28 монахов, в 1737 г. – 21, в 1741 г. – 23, в 1742 г. – 12 монахов. Свободные «братские порции» передавались проживающим в монастыре на покое священнослужителям, отставным и увечным солдатам, высылаемым в монастырь под надзор лицам. После 1764 г. штат монастыря составлял 12 человек, включая восемь церковнослужителей. В то же время монастырь был освобождён от содержания посторонних лиц. После эпидемии чумы 1771 г. скончались 8 из 12 монахов. Часть братии покинула монастырь во время оккупации Москвы армией Наполеона I в 1812 г. Оставшиеся мужественно переносили издевательства военных. Особенно пострадали бывший казначей иеромонах Георгий и иеромонах Иосиф, от побоев скончался иеромонах Павел. В начале XX в. в штате монастыря числились 11 человек братии, а вне штата – 12 послушников. Московский в честь иконы «Знамение» мужской монастырь был традиционным царским богомольем в день иконы Божьей Матери «Знамение», 27 ноября. На протяжении XVII в. здесь побывали все члены царской семьи, начиная с царя Михаила Фёдоровича Романова (впервые в 1632 г.). В последней четверти XVII в. правящая династия стала реже удостаивать монастырь своим вниманием. Только императрица Елизавета Петровна посетила обитель в 1744 г. и назвала старый государев двор «двором ея императорского величества», после чего в Знаменском соборе было устроено императорское место, которое, однако, было впоследствии разобрано за ненадобностью. Интерес императорской фамилии к Московскому в честь иконы «Знамение» мужскому монастырю возродился только во время коронационных торжеств 1856 г. С тех пор монастырь принимал членов императорской фамилии во время их посещений Москвы и коронационных торжеств. Монастырь был включён в программу празднования 300-летия дома Романовых. Император Николай II посетил обитель 25 мая 1913 г.