В 1960 гг. в результате выступлений общественности было принято решение сохранить историческую застройку ул. Варварки. Одновременно со строительством в Зарядье гостиницы «Россия» архитектурно-реставрационная мастерская №7 Института по проектированию благоустройства и озеленения города Москвы «Моспроект-3» осуществила реставрацию зданий Московского в честь иконы «Знамение» мужского монастыря, которые были объявлены памятниками архитектуры всесоюзного значения. Под руководством Инессы Ивановны Казакевич и Евгении Петровны Жаворонковой была выполнена реставрация Знаменского собора, настоятельского и братского корпусов (1963–1972 гг.). Реставрация колокольни и примыкающего к ней северного корпуса была осуществлена Центральными научно-реставрационными проектными мастерскими в 1964–1969 гг. под руководством Льва Артуровича Давида, Сергея Сергеевича Подъяпольского и В.Н. Меркеловой. После завершения реставрационных работ все здания Московского в честь иконы «Знамение» мужского монастыря были переданы Московскому городскому отделению Всероссийского общества охраны памятников истории и культуры. В верхнем храме разместился концертно-лекционный, а в нижнем – выставочный зал. После того как стены собора дали трещины, он был закрыт на реставрацию (1979–1989 гг.). 10 декабря 1992 г. были возобновлены богослужения в нижней церкви во имя преподобного Сергия Радонежского. Тогда же храм в честь иконы Божьей Матери «Знамение» на Варварке был включён в состав открывшегося подворья Патриарха Московского и всея Руси в Зарядье Китай-города. Подворью были переданы настоятельский и братский корпуса, колокольня и примыкающий к ней северный корпус. Возглавил подворье игумен Троице-Сергиевой лавры Иосиф (Шапошников), а в 2004 г. – протоиерей Вячеслав Николаевич Шестаков. При храме была открыта воскресная школа. В 2005 г. собор закрыли на реставрацию, после которой богослужение возобновилось в нижнем храме в день памяти преподобного Сергия Радонежского, 8 октября, в 2013 г. В нижнем храме создан новый иконостас. В храме находятся иконы XVII–XXI вв., в том числе список 1885 г. с Серафимо-Понетаевской иконы Божьей Матери, икона Николая Чудотворца с частицей его мощей (на месте Никольского придела), икона князя Александра Невского, написанная по заказу крестьян Карповской волости Ярославской губернии в 1898 г. в память об освобождении крестьян от крепостной зависимости. Чтимыми святынями являются поручи и епитрахиль преподобного Алексия (Соловьёва), Зосимовского старца. В связи со строительством парка Зарядье проведена реставрация ансамбля Московского в честь иконы «Знамение» мужского монастыря. В 2015 г. завершены реставрационные работы в настоятельском и братском корпусах, в 2016 г. отреставрирован собор.