Памятники церковных древностей, хранившиеся в Московском в честь иконы «Знамение» мужском монастыре, связаны с родом Романовых. Со времени основания обители в Знаменском соборе находилась икона Божьей Матери «Знамение», считавшаяся домашним образом Романовых. После закрытия храма её оклад поступил в Оружейную палату. Перед иконой стояла лампада, изготовленная в 1622/1623 г. «повелением великие государыни инокини Марфы Иоанновны за многолетное здравие сына своего великого государя царя и великого князя Михаила Феодоровича всеа Русии самодержца». Среди ранних романовских вкладов в монастырь: риза – вклад царя Михаила Фёдоровича и инокини государыни Марфы в 1616/1617 г., крест воздвизальный – вклад инокини Марфы в 1622/1623 г. Ряд вкладов царская семья сделала в 1684 г., среди них – архимандричья шапка (вклад царей Ивана и Петра Алексеевичей), крест воздвизальный (вклад царевны Татианы Михайловны в память о царевне Ирине Михайловне), блюдо (вклад царей Ивана и Петра Алексеевичей, царевны Татианы Михайловны в память об Ирине Михайловне). В Московский в честь иконы «Знамение» мужской монастырь было сделано много частных поминальных вкладов, в том числе от настоятелей монастыря, иеромонаха Епифания (Славинецкого), иконописца Симона Ушакова, Григория Яковлевича, Фёдора Яковлевича и Ивана Михайловича Милославских, боярина Семёна Ивановича Заборовского, думного дьяка Ивана Савиновича Горохова, дьяка Посольского приказа Василия Ивановича Бобинина, полковника Алексея Матвеевича Кравкова, князей Голицыных и др. В 1789 г. в Московский в честь иконы «Знамение» мужской монастырь поступили облачения и утварь из упразднённой церкви Воскресения Христова в Булгакове. Бо́льшая часть церковных древностей была утрачена во время оккупации Москвы армией Наполеона в 1812 г., когда оставшиеся в монастыре ценности были захвачены, а иконы использовались вместо дров. Из ранних частных вкладов сохранились только лампада «в поминовение души иеромонаха Епифания Славяницкаго», вклады А.М. Кравкова и несколько вкладов XVIII в.