В монастыре была библиотека богослужебной и аскетической литературы. Самые ранние книги – рукописная Кормчая XVI в., московские и киевские издания 1620 гг. (Псалтырь, «Беседы на Деяния св. апостол», «Лимонарь», «Поучения аввы Дорофея»). В Российском государственном архиве древних актов сохранился архив Московского в честь иконы «Знамение» мужского монастыря благодаря тому, что он был спрятан в одной из ниш ризницы и обнаружен только в 1865 г. Наиболее торжественно в монастыре отмечался праздник в честь иконы Божьей Матери «Знамение», 27 ноября. В этот день богослужение совершалось во всех храмах, расположенных рядом с московскими дворами Романовых. Московский в честь иконы «Знамение» мужской монастырь посещали патриарх «с властями» и царская семья. Совершались всенощное бдение, литургия и молебен. Царское место устраивалось в Благовещенском приделе. После богослужения монастырь подносил всем членам царской семьи, патриарху, царским и патриаршим боярам и другим лицам иконы «Знамение» со святой водой в вощанках. Стол устраивался на государевом дворе в Кремле, а в монастыре накрывали другой стол, для государевых и патриарших певчих. В знак признательности императору Александру II за пожалование монастырю 20 тыс. руб. было учреждено празднование 12 июля, дня памяти преподобного Михаила Малеина, небесного покровителя царя Михаила Фёдоровича. В этот день в монастыре совершали панихиду «по родоначальнике и других особах державного рода», архиерейское богослужение и молебен о здравии императора Александра II и «всей высочайшей фамилии». Первоначально монастырём управляли игумены с келарем, казначеем и собором старцев, однако в конце XVII в. соборные старцы не упоминаются, а с 1760 г. упразднена должность келаря. Из настоятелей наибольший вклад в строительство обители внесли игумены Герасим (1631–1649 гг.) и Арсений (1666–1682 гг.). При освящении в 1684 г. нового соборного храма Патриарх Московский и всея Руси Иоаким возвёл игумена Евфимия (1682–1697 гг.) в сан архимандрита и даровал обители архимандритию. В середине XVIII в., при настоятелях архимандрите Николае (1738–1741, 1741–1768 гг.) и архиепископе Иосифе (Квабулидзе; 1741 г.), при обители сформировалась грузинская община. После реформы 1764 г. монастырь как принадлежащий к третьему классу был лишён архимандритии.