В 1676–1677 гг. был выстроен двухэтажный корпус с игуменскими покоями в западной части и кельями для рядовых монахов в восточной части Московского в честь иконы «Знамение» мужского монастыря. Здание имело традиционную для XVII в. секционную планировку: каждая пара келий выходила в общие сени. Второй этаж был перекрыт балками, а не сводами. В сени второго этажа вели наружные лестницы. Здание неоднократно ремонтировалось и перестраивалось, а в 1784–1785 гг. было расширено в сторону ул. Варварки. В 1908 г. настоятельский и братский корпуса были надстроены по проекту архитектора Николая Николаевича Благовещенского. Святые ворота с братским корпусом находились со стороны Малого Знаменского пер. Вместо деревянных ворот в 1678 г. были выстроены каменные. Архиепископ Гавриил (Русской), который жил в кельях у святых ворот, в 1751 г. пристроил к надвратной палатке апсиду и устроил для себя домовую церковь во имя апостола Иакова. Впоследствии в ней также служил архиепископ Лев (Юрлов). В 1784 г. святые ворота были разобраны, а на месте прилегавшего к ним корпуса в 1784–1789 гг. были выстроены новые святые ворота с колокольней и двумя братскими корпусами, северным и южным. В 1813 г. архитектор Дмитрий Фомич Борисов подготовил проект перестройки колокольни, но он не был осуществлён. Первоначально Московский в честь иконы «Знамение» мужской монастырь был окружён деревянной оградой. Строительство каменной ограды было начато в 1677 г. на вклады царской семьи, И.М. Милославского и других жертвователей. На протяжении XVIII в. ограда неоднократно перестраивалась. В результате застройки периметра монастыря значительная часть ограды была снесена в конце XVIII – XIX вв. Трёхэтажные палаты «на нижних погребах», принадлежавшие боярам Романовым, располагались к югу от церкви преподобного Афанасия Афонского. В них размещались братские и больничные кельи, квасоварня, хлебная палатка, поварня, погреб. Палаты неоднократно ремонтировались, в 1769 г. были разобраны. К востоку от палат бояр Романовых, «на верхних погребах», зодчий И. Иванов выстроил в 1684 г. две палатки с сенями, которые использовались для сдачи внаём. После их разборки этот участок вновь застраивался в 1769 г., а в 1858 г. был окончательно расчищен, за исключением одного здания, перестроенного в 1858–1859 гг. под нужды музея. Со стороны Большого Знаменского пер. находились конюшенный двор, кузница, здания для монастырских слуг. В 1825–1827 гг. на этой территории были выстроены два корпуса, разделённые воротами и часовней, позже перестроенной по проекту архитектора Александра Афанасьевича Латкова. Участок на углу ул. Варварки и Малого Знаменского пер. застраивался в конце XVII в. и в 1784 г. Располагавшиеся здесь здания, как правило, сдавали в аренду.