Иконография Макария после его прославления создавалась преимущественно в иконописной школе при Московской духовной академии на основе многих сохранившихся фотографий, запечатлевших святителя в разные годы его служения. Репродукции и рисунки, иллюстрирующие книги Александры Ивановны Макаровой-Мирской, относятся, в основном, к алтайскому и томскому периодам жизни Макария. Интересный фотоснимок из частного собрания, запечатлевший Макария во время его визита в Троице-Сергиеву лавру, судя по присутствующим лицам, был сделан между 1912 и 1915 гг., когда наместником обители был архимандрит Товия (Цимбал). На значительном количестве фотографий Макарий запечатлён в период управления Московской митрополией и в последние годы жизни на покое в Николо-Угрешском монастыре, в том числе вместе с патриархом Московским и всея России Тихоном (Беллавиным) и другими духовными лицами, с оптинскими старцами Исаакием (Бобраковым) и Анатолием (Потаповым) в Шамординской Казанской обители в 1917 г., с Сергием Мечёвым, с великой княгиней Елизаветой Фёдоровной, с духовными чадами. Редким живописным произведением исследователи называют портрет первой четверти XX в., созданный в Москве неизвестным художником, вероятно, вскоре после назначения Макария на Московскую кафедру. Судя по сдержанному, почти монохромному колориту, мастер использовал фотографию. Святитель изображён фронтально, поколенно, сидящим возле стола, правая рука лежит на столе, левой держит чётки. Облачён в тёмную рясу и белый клобук с крестом, на груди – панагия, воспроизводящая подлинную реликвию, принадлежавшую Макарию ещё до его назначения в Москву, и справа – три орденские звёзды (или две звезды и наградной знак). Черты лица и небольшая седая борода соответствуют запечатлённым на фотоснимках того времени. Одно из первых изображений Макария было помещено на иконе «Собор святых, прославленных в двухтысячное лето от Рождества Христова» (храм Христа Спасителя), выполненной Натальей Васильевной Масюковой в 2000 г. к канонизации святителя на архиерейском юбилейном Соборе Русской православной церкви. Макарий представлен в первом ряду левой группы рядом с Макарием Алтайским, облачён в саккос и омофор, голова не покрыта, длинные с проседью волосы, ниспадающие на плечи, разделены на прямой пробор, в левой, немного протянутой вперёд руке, – Евангелие на белом плате. В 2002 г. тем же иконописцем была создана икона, на которой вместе предстоят Спасителю в небесном сегменте Макарий (тот же тип иконографии, с моделью храма в руке) и Макарий Алтайский. Тогда же появились единоличные поясные образы Макария, разработанные с учётом исторических реалий.