10 июня 1916 г. в Тобольске соборным служением 13 архиереев во главе с Макарием было совершено торжественное прославление Иоанна (Максимовича), митрополита Тобольского и Сибирского. Это была последняя канонизация в синодальный период. Вечером 8 июня, после заупокойной службы, Макарий с архипастырями совершил омовение мощей, возложение нового облачения и митры, положение святых мощей в серебряный ковчег и в новый кипарисовый гроб, подобный тому, в котором почивает патриарх Ермоген в Успенском соборе. И ковчег, и гроб были изготовлены на пожертвования москвичей и привезены в Тобольск Макарием. 10 июня он совершил литургию в Софийско-Успенском соборе Тобольска; на время службы мощи были внесены в алтарь и поставлены на горнем месте. После окончания литургии Макарий, обращаясь к 50 тыс. богомольцам, собравшимся на площади перед собором, сказал: «Ныне исполняется давнее желание и ожидание обитателей града сего и всея сибирския страны. Днесь светло красуется град Тобольск, древняя митрополия святителей, здесь почивающих». Из Ставки Верховного Главнокомандующего 11 июня в Тобольск была отправлена телеграмма от императора Николая II: «Сердцем и душою был сегодня в молитвенном единении со всеми присутствовавшими на светлом торжестве прославления Святителя Иоанна Максимовича; твёрдо уповаю на молитвы его о спасении Руси православной и о помощи свыше доблестному воинству нашему». После тобольских торжеств Макарий совершил последнее миссионерское путешествие на Алтай. Макарий был награждён орденом святой Анны третьей (1869 г.) и второй степени (1875 г.), орденом святого князя Александра Невского (1911 г.), орденом святого князя Владимира первой степени (1915 г.); бриллиантовым крестом для ношения на клобуке (1903 г.), панагией с драгоценными камнями (1913 г.), правом предношения креста при священнослужении (1914 г.). Был избран почётным членом Казанской духовной академии (1895 г.) и Санкт-Петербургской духовной академии (1913 г.). События Февральской революции 1917 г. застали Макария в Петрограде, где он участвовал в заседаниях Синода. В начале марта новый обер-прокурор Синода Владимир Николаевич Львов, назначенный Временным правительством, явился с охраной в покои Макария на Троицком подворье и угрозами вынудил написать прошение об уходе на покой. Однако на заседании 9–13 марта Синод посчитал действия В.Н. Львова неканоничными и незаконными и вернул Макарию прошение как написанное под давлением. Обер-прокурор отправился в Москву, где стал всячески агитировать против Макария, не гнушаясь сплетнями и заведомо ложными обвинениями. Он организовал депутацию от московского духовенства и мирян, которая выдвинула против Макария обвинения в том, что он из-за преклонного возраста не в состоянии управлять епархией. Определением Синода от 20 марта 1917 г. Макарий был уволен на покой. Как писал впоследствии архиерей, «дело состоялось так быстро, что ни я, ни, вероятно, члены Св. Синода не успели справиться с Правилами канонов, в которых постановлено: рукописания отречения от управления, вынужденные у епископа страхом или угрозами, недействительны (Кирилла Прав. 1.13)».