21 августа 1924 г. он прибыл в обитель для совершения всенощного бдения под праздник явления иконы святителя Николая. В этот день в архиерейских палатах обители состоялось свидание патриарха с Макарием. Участники этой встречи были сфотографированы. В 1925 г., после закрытия Николо-Угрешского монастыря под предлогом расширения размещённого там детского дома и недопустимости соседства православной церкви с детским учреждением и изъятия архиерейских палат, старец-митрополит жил в доме Меланьи Павловны Трагейм в близлежащем селе Котельники (ныне город) рядом с Люберцами, где и скончался от воспаления лёгких на 91-м году жизни. Три игумена, одним из которых был келейник святителя Аркадий, облачили тело. 19 февраля 1926 г. архиепископ Бийский Иннокентий (Соколов) возглавил в Казанском храме села Котельники литургию и отпевание. Всего же в последний путь «апостола Алтая» проводили семь архиереев и 79 священнослужителей. Похоронен Макарий был в ограде церкви села Котельники. В тот же день о смерти Макария узнали в Томске. Утром 19 февраля на протяжении трёх часов над городом раздавались удары в большой соборный колокол, перемежавшиеся ударами в било. Томичи приходили в собор и, узнав о кончине Макария, оставались молитвенно почтить своего Святителя. В 1957 г. патриарх Московский и всея Руси Алексий I (Симанский) благословил перенести честные останки Макария в Троице-Сергиеву лавру. В апреле 1957 г. они были освидетельствованы представителями Московской патриархии: гроб истлел, а тело и облачение остались целыми. О нетлении мощей Макария свидетельствовал камчатский миссионер митрополит Нестор (Анисимов; 1885–1962 гг.). Святые останки были перенесены в лавру и захоронены в крипте Успенского собора. В 1988 г. в крипте был устроен престол во имя Всех святых, в земле Российской просиявших. Архиерейский юбилейный Собор РПЦ 2000 г. прославил Макария в лике святых. 6 июня 2011 г. по благословению Патриарха Московского и всея Руси Кирилла (Гундяева) были обретены святые мощи Макария. В настоящее время рака с мощами находится в Успенском соборе Троице-Сергией лавры. 1 октября 2009 г. в Бийске на Архиерейском подворье епископ Алтайский и Барнаульский Максим освятил бронзовый памятник Макарию (автор – скульптор Сергей Михайлович Исаков). Торжество приурочено к 140-летию открытия барнаульских духовных школ и 15-летию возрождения Алтайской епархии.