20 октября 1918 г. представители местных советских органов власти провели второй обыск. Они изъяли важные документы, в том числе дневники Макария за 1915–1917 гг., переписку, разные заметки и отчёты. 3 октября того же года в покои Макария ворвались вооружённые грабители, похитили митру и две ценные панагии, угрожали архиерею и издевались над ним. Во время гражданской войны условия жизни и состояние здоровья Макария сильно ухудшились. Он жил парализованный в нетопленых комнатах с двумя преданными ему келейниками. Не имея права на получение продовольственных карточек, все трое голодали. Продукты для Макария (чёрный хлеб и пшено) доставляли в Угрешу из Москвы иподиаконы храма Христа Спасителя и прихожане общины священника Алексия Мечёва, которые пешком добирались до монастыря. Оказывали помощь Макарию и местные жители. Трогательным, глубоко назидательным и поучительным называет епископ Арсений (Жадановский) отношение Макария к своим благодетелям: «Самые незначительные дары он принимал лично, тут же благословляя приносящих, благодарил их и усердно о них молился», его синодик был испещрён именами живых и умерших, которых он поминал за ежедневной Божественной литургией и в частной молитве. В зимнее время за недостатком в тёплых помещениях он часто оставлял приходивших к нему ночевать в своей келии. По воспоминаниям Владимира Фёдоровича Джунковского, бывшего московского губернатора и товарища министра внутренних дел, навещавшего Макария, «голова у него свежа, он всех узнаёт и трогательно радуется, когда его навещают, встречая всех со свойственной ему обворожительной, полной доброты и участия улыбкой». Многие духовные люди навещали Макария и относились к нему как к святому. Так, протоиерей Сергий Мечёв, совершавший летом 1923 и 1924 гг. с многочисленной паствой паломнические поездки в Угрешу, говорил своим спутникам, что им «предстоит увидеть живого русского святого». С особой теплотой старец-митрополит принимал детей из колонии Наркомфина, открывшейся в Николо-Угрешском монастыре в 1918 г. Несмотря на все запреты и угрозы, дети бегали к митрополиту благословляться, веря в то, что благословение митрополита помогает во всех затруднениях. Начальница колонии Ольга Серафимовна Дефендова (в тайном постриге монахиня Серафима), бывшая начальницей приюта для сирот (покровительницей которого была великая княгиня Елисавета Феодоровна) усердно служившая Макарию до самой его смерти, так описывала эти посещения: «Дети очень любили старца и не боялись его: например, трёхлетние малютки говорили ему стишки и льнули к нему своей ангельской душой. Всё первое, лучшее дети несли Владыке: цветочек, травку, даже снежинку. Птичка, свечка, котёнок – всё перебывало у него на коленях, и он ласкал Божие создание своей святительской рукой». Дети, по её мнению, «первые внесли некоторую отраду в жизнь нашего заточника, который среди них отдыхал душой».