29 марта того же года Макарий прибыл в Троице-Сергиеву лавру, где составил послание к епископам, в котором сообщил, что покинул Московскую кафедру не добровольно, а под давлением. Текст был набран в лаврской типографии, однако отпечатать его не удалось. Вечером 5 апреля в лавре был проведён обыск. По распоряжению комиссара Сергиева Посада Н.А. Королёва набранный текст послания был рассыпан. Макария и наместника Троице-Сергиевой лавры архимандрита Кронида (Любимова) заключили под домашний арест. На следующий день их освободили из-под ареста, поскольку ничего противоправительственного в послании Макария обнаружено не было. 9 апреля в лавру для проведения дознания прибыл обер-прокурор В.Н. Львов, однако накануне Макарий уехал в Зосимову Смоленскую пустынь, где встретился со старцем-затворником преподобным Алексием (Соловьёвым). Согласно определению Синода, местом пребывания Макария был назначен Угрешский во имя святителя Николая Чудотворца монастырь в 18 км к юго-востоку от Москвы (ныне в городе Дзержинский Московской области). Он был лишён права проживания в Троице-Сергиевой лавре, не разрешили ему находиться и в Зосимовой пустыни. «Окружной дорогой повезли Святителя на ближайшую к Угреше станцию, не дав ему даже возможности заехать в Москву и проститься с московской паствой. Выслана была одна лошадь с весьма грязным экипажем, в котором и перевезли Владыку на место заточения». Он поселился в небольшом архиерейском доме, где была малая домовая церковь во имя Сергия Радонежского. В Николо-Угрешском монастыре Макарий прожил почти до самой кончины, подписывая свои письма как «угрешский заточник». В августе 1917 г. он просил у Синода разрешения участвовать в заседаниях Миссионерского отдела поместного Собора Православной Российской церкви 1917–1918 гг., но смог побывать там лишь раз или два. Дело Макария разбиралось на закрытом по его просьбе заседании Судной комиссии, созданной Совещанием епископов. По настойчивому ходатайству сибирских архипастырей Макарий был полностью оправдан, о чём, однако, было сообщено лишь ему одному. Летом 1918 г. в Николо-Угрешском монастыре начались первые реквизиции. Попытка изъять монастырских лошадей 20 июля привела к бунту крестьян окрестных деревень, которые шли в церковь на праздник – день памяти пророка Божия Илии. В обитель был направлен вооружённый отряд, который изъял церковные ценности, провёл обыск в покоях Макария и арестовал настоятеля монастыря архимандрита Макария (Ятрова), оказавшего сопротивление попыткам властей отнять у монастыря лошадей. Как сообщала газета «Известия» от 8 августа 1918 г., во время обыска в покоях Макария было «обнаружено много документов, свидетельствующих о его контрреволюционной деятельности»: воззвание архиерея к православному русскому народу по поводу гибели императора Николая II, проект создания Союза приходских общин, воззвание Макария к народу по поводу дня памяти патриарха Ермогена, в котором он призывал народ «восстать на защиту Святой Церкви от насилия большевиков» и др.