Вступление Макария на Московскую кафедру совпало по времени с юбилейными торжествами. 21 февраля 1913 г. Россия отметила 300-летие Дома Романовых. В этот день Макарий в Успенском соборе отслужил Божественную литургию, затем – благодарственный молебен и возглавил крестный ход. 25 мая последовал Высочайший рескрипт, в соответствии с которым государь «в знаменательные дни, посвящённые воспоминанию вступления на престол царей московских, желая почтить труды по возвышению благолепия связанных с сим воспоминанием церковных торжеств в г. Москве» пожаловал Макарию панагию. Одним из событий, завершивших торжества, стало освящение Макарием 27 декабря 1913 г. больницы в память 300-летия царствования Дома Романовых и храма-памятника при Покровской епархиальной общине сестёр милосердия. На церемонии освящения присутствовала великая княгиня Елизавета Фёдоровна. После освящения храма и больницы Макарий совершил литургию. 12 мая 1913 г. в Москве прошли торжества по случаю канонизации патриарха Ермогена. Литургию в Успенском соборе совершил Антиохийский  патриарх Григорий IV в сослужении Макария, митрополита Санкт-Петербургского Владимира (Богоявленского), архиепископа Новгородского Арсения (Стадницкого) и других архипастырей. Макарий ввёл в храмах общенародное пение, в свободное время рекомендовал распевать духовные канты, для чего по его благословению были изданы оба сборника «Лепты». Печатались также беседы и поучения митрополита, отличавшиеся простотой и доступностью. Макарий не оставил без попечения своих духовных чад на Алтае, заботясь об удовлетворении их духовных нужд. Будучи председателем Православного Миссионерского общества, он опекал не только Алтайскую миссию, но и все миссии РПЦ. На посту председателя Макарий много сделал для активизации деятельности общества, укрепления его связей с другими церковно-общественными организациями. Определением Синода от 14–18 февраля 1914 г. Московской синодальной конторе под председательством Макария было поручено произвести суд над монахами-имяславцами, изгнанными с Афона. Судебное заседание состоялось 24 апреля того же года. Прибывшие с Афона иноки после этого заседания были приняты в церковное общение и с них были сняты наложенные Синодом прещения. Благодаря действиям Макария во время Первой мировой войны многие имяславцы получили разрешение на священнослужение и были отправлены на фронт в качестве полковых священников. 3 сентября 1914 г. по инициативе Макария был образован Московский епархиальный комитет по оказанию помощи больным и раненым воинам. Макарий стал его почётным председателем. Он сам неоднократно посещал лазареты и военные госпитали, обходил палаты, раздавал книги религиозно-нравственного содержания, беседовал с ранеными, ободрял и утешал их. В 1914 г. Макарий совершил миссионерское путешествие на Алтай. 17 июня он прибыл на пароходе в Бийск, а 19 июня отправился по тракту на Улалу. Посетив могилы отца и родственников в селе Красный Яр, далее последовал в посёлок Артыбаш, где его ждал пароход, на котором он отправился по Телецкому озеру до Чулышманского монастыря. Там Макарий пробыл до 7 июля, в течение всего времени к нему приезжали местные жители за благословением.