О покупках братией книг исследователям известно уже по «Духовной изустной памяти» строителя Авраамия 1640 г.: «А куплено тех книг, опричь прикладных, на тридцать рублев с полтиною». Позднее подобные записи исследователи неоднократно встречают в приходно-расходных книгах обители. В 1847 г. по предписанию Нижегородского и Арзамасского епископа Иакова (Вечеркова) архимандрит Варлаам передал монастырский архив (829 документов XVII–XVIII вв.) в Древлехранилище при Нижегородской духовной семинарии. В Троицком соборе хранилась главная святыня Макариева Желтоводского монастыря – чтимая икона преподобного Макария. В монастыре считалось, что именно этот образ в 1620 г. принёс строитель Авраамий. Перед иконой, украшенной сребропозлащённой ризой, висела лампада, вложенная в обитель, согласно надписи, в 1805 г. черкасскими казаками войска Донского. По распоряжению Нижегородских архиереев в дни проведения ярмарки икону преподобного Макария приносили в ярмарочную часовню, носили по городу Макарьеву, в лавках перед ней служили краткие молебны. В том же храме почитались иконы Божьей Матери «Одигитрия», Николая Чудотворца, а также «старинный местный» образ Вседержителя в «среброкованной позлащённой ризе изящной работы» (2 пуда 32 фунта); у «подножия» образа Вседержителя изображены преподобные Макарий Желтоводский и Григорий Пельшемский. До 1868 г. в Макариевском храме хранилась икона преподобного Макария, присланная в 1661 г. архиепископом Рязанским и Муромским Иларионом. Образ украшала серебряная риза с золотым венцом, жемчугом и драгоценными камнями. Другими чтимыми святынями Макариевской церкви была Толгская икона Божьей Матери, украшенная жемчугом, изумрудами, яхонтами, стразами, а также Нерукотворный образ Спасителя в серебряной ризе (дар 1808 г. ярославских купцов). В Успенской церкви находился воздух (XVII в.), шитый по золотому глазету золотом, серебром и шелками, – вклад Дмитрия Андреевича и Григория Дмитриевича Строгановых. В ризнице, устроенной при храме, хранились серебряные потиры, ковчеги, рипиды и другие предметы XVII в., серебряные вызолоченные кресты с частицами мощей, пожалованные архиепископом Тобольским Симеоном в 1658 г. и епископом Иларионом в 1673 г., крест (вклад 1665 г. старца Феодосия Девятовского), крест с мощами (вклад 1672 г. старца Игнатия), митра, шитая по чёрному бархату (вклад 1667 г. Богдана Матвеевича Хитрово), серебряный вызолоченный архиерейский жезл с надписью на греческом и русском языках о его принадлежности митрополиту Нижегородскому и Алатырскому Павлу (ум. в 1696 г.), проживавшему в обители под надзором. Бо́льшая часть святынь и реликвий в 1868 г. была изъята из упразднённого монастыря для пополнения средств епархиального попечительства, но чтимая икона преподобного Макария оставлена (местонахождение после 1927 г. исследователям неизвестно). Другая икона преподобного Макария Желтоводского (1661 г.; С.Ф. Ушаков), происходившая из Макариева Желтоводского монастыря, впоследствии хранилась в Нижегородском государственном историко-архитектурном музее-заповеднике, в 2005 г. передана в восстановленный монастырь. При Троицком соборе под папертью погребены архиепископы Нижегородские Антоний (Герасимов-Зыбелин; ум. в 1797 г.) и Моисей (Близнецов-Платонов; ум. в 1825 г.), напротив западной стены – митрополит Иконийский Афанасий (ум. в 1670 г.). За алтарём Троицкого храма почиталось захоронение убиенных в 1439 г. иноков. Над могильным камнем стоял кирпичный портик с колоннами. У Макариевской церкви были погребены архимандрит Иоанн (ум. в 1813 г.) и иркутский купец Николай Дмитриевич Мичурин (ум. в 1816 г.).