В 1677–1678 гг. настоятель Макариева Желтоводского монастыря архимандрит Тихон Макариевский (ум. после 1706 г.) составил обширный исторический труд – так называемую Латухинскую Степенную книгу, известную исследователям в двух редакциях: Краткой и Пространной. Обилие источников (Воскресенская и Типографская летописи, «Книга глаголемая Новый летописец», Летописный свод (1652 г.), Синопсис (1678 г.) и др.), которые использовал архимандрит Тихон Макариевский, свидетельствует об обширном книжном собрании монастыря. В описи монастырской библиотеки 1640 г., сохранившейся в составе «Духовной изустной памяти» строителя Авраамия, перечислены 69 книг монастырского собрания. В Никольской церкви монастырской слободы хранились семь книг, в том числе напечатанные в Киеве два Евангелия (напрестольное и толковое), Служебник, Апостол, Псалтирь, а также «Потребник письменный, Послушание письменное». Напрестольное Евангелие (М., 1682 г.) было обложено чеканными вызолоченными досками «с финифтевыми изображениями Спасителя и евангелистов. Венцы образов осыпаны алмазами и яхонтами; вокруг образа Спасителя вынизано крупным жемчугом». В монастырском Троицком соборе хранились печатные четыре Толковых Евангелия, три Апостола, два Октоиха «на осьмь гласов», две Псалтири, два Часовника, Минея общая, три Потребника, 11 месячных Миней, книга «Беседы апостольские» и проч. Среди рукописных книг упомянуты напрестольное Евангелие, три Минеи, Часословец, Полууставие, два Пролога, труды святителей Иоанна Златоуста, Василия Великого, Григория Богослова, преподобного Ефрема Сирина, две «Лествицы» преподобного Иоанна Лествичника («в полдесть» и «в четверть»), три Жития преподобного Макария Желтоводского (два «в десть; один по обрезу золочено, другой по зеленому обрезу, в красной коже, застешки и петли медные» и «в полдесть, по зеленому обрезу, в красной коже, застешки и петли медные»), два Жития Иоасафа царевича, синодики, два сборника. Сохранились синодик Макариева Желтоводского монастыря, скопированный Андреем Александровичем Титовым в 1887 г. (Российская национальная библиотека), синодик середины XVII в. (Нижегородский историко-архитектурный музей-заповедник) и синодик 1716 г. (Нижегородский историко-архитектурный музей-заповедник). К началу XVIII в. монастырская библиотека помещалась в специальной книгохранительнице, за которой надзирал старец Иларион. Опись 1702 г., входящая в состав Переписной книги монастыря 1702 г. (Российский государственный архив древних актов), фиксирует около 480 книг, в том числе 128 рукописных. Среди последних – список Большой Толковой Псалтири, «в десть, по красному обрезу, в красной коже, застешки и петли медные» (первая половина XVII в.), «Книга Деонисия Ареопагита, письменная, в полдесть, по красному обрезу, в черной коже, застешки и петли медные», вложенная в обитель её пострижеником митрополитом Рязанским Иларионом (Исторический музей). Книги не только поступали в Макариев Желтоводский монастырь в качестве вкладов, но и покупались. Исследователям известно о значительном вкладе «деньгами и книгами, всего 450 рублев» митрополита Нижегородского и Алатырского Филарета (ум. в 1694 г.), о вкладе 1664–1665 гг. архиепископа Сибирского Симеона. Согласно записи на печатной январской служебной Минее, эта книга была передана в обитель в 1626–1627 гг. князем Дмитрием Михайловичем Пожарским.