В октябре 1670 г. Макариев Желтоводский монастырь был осаждён отрядами Степана Тимофеевича Разина. Архимандрит Пахомий с частью братии укрылся в лесах, монастырь был захвачен и разграблен. 12 апреля 1671 г. на Соборе разбирался вопрос о насельниках, с оружием в руках участвовавших в отражении нападения разинцев. Грамотой патриарха Московского и всея Руси Иоасафа II от 12 апреля 1671 г. монастырским клирикам разрешалось совершать богослужения, а братия допускалась к причастию («Акты археологической экспедиции», том 4). 31 мая 1722 г. в монастыре побывал император Пётр I Алексеевич, 23 мая 1767 г. – императрица Екатерина II Алексеевна, которая после молебна в Троицком соборе преподнесла в дар настоятелю резное изображение двуглавого орла (как знак покровительства Дома Романовых). Ежегодно 25 июля, в день памяти преподобного Макария, у стен Макариева Желтоводского монастыря проводилась ярмарка, к концу XVII в. ставшая крупнейшей в стране. Так, в 1685 г. весь привезённый товар оценивался в значительную сумму – не меньше 120 тыс. руб., что составляло десятую часть всего государственного бюджета страны. На ярмарку приезжали купцы не только со всей России, но и из-за границы, и она продолжалась две недели. Ежегодно у стен обители строился обширный гостиный двор с каменными и деревянными лавками, составлявшими целые улицы, и гостиницами. В 1641 г. грамотой царя Михаила Фёдоровича монастырю предоставлялось право собирать с торговцев за день торговли (25 июля) таможенную пошлину и владеть перевозом через Волгу. В 1648 г. царь Алексей Михайлович разрешил торговать беспошлинно пять дней, а 26 июня 1667 г. отменил право обители на сбор таможенных пошлин в течение одного торгового дня «на вино церковное, на ладан, на воск и на церковное строение», который был установлен в период правления царя Фёдора Михайловича, и заменил эти доходы государственным жалованьем – годовой ругой («Акты археологической экспедиции», том 4). 10 ноября 1682 г. указом царей Ивана и Петра Алексеевичей властям Макариева Желтоводского монастыря было предоставлено право на полный сбор в их казну таможенных ярмарочных пошлин. Тем же указом архимандриту Павлу (Моравскому) с братией предоставлялось право «чинить расправу... во всяких торговых делах». В 1685 г. все доходы Макариева Желтоводского монастыря от ярмарки составили 10 673 руб. – колоссальную по тем временам сумму. Это были пошлины с продажи соли, рыбы, мёда, а также так называемые конские пошлины, доходы от аренды 672 лавок, 448 шалашей, семи торговых мест, 80 хлебных и квасных печей, с двух изб и т.д.