В 1620 г. в Москве строитель Авраамий получил «повеление» царя Михаила Фёдоровича Романова и благословение патриарха Московского и всея Руси Филарета на возобновление обители. Большую помощь строителю оказали жители Лыскова, которые «от своего усердия насекоша древес доволно к созданию церковному... Великия древеса на рамех своих преносиша». Впоследствии «от многих стран прихождаху монаси и мирстии и моляше настоятеля, да повелит им своими руками во обители у чюдотворца Макария от своего усердия потруждатися» (Исторический музей). В 1624 г. в Макариевом Желтоводском монастыре были построены деревянные храм во имя Святой Троицы с приделами во имя преподобного Макария Желтоводского и преподобного Михаила Малеина – небесного покровителя царя, в 1626 г. – трапезная с церковью в честь Успения Пресвятой Богородицы на подклетях, ограда, кельи, в которых к февралю 1638 г. проживало около двухсот насельников. В 1640 г. строитель Авраамий был погребён слева от входа в святые врата обители (впоследствии над его гробницей поставлена восьмиколонная ротонда с круглым куполом). Ещё в 1626 г. строитель Авраамий «взял в оброк» «из наддачи» рыбные ловли и сенные покосы по реке Керженец до Макарьева Холуя и по рекам Малая и Большая Маза. В 1625 г. братия получила «из наддачи» на оброк Великовское и Отрепьевское угодья, а в 1628 г. владела одним из них безоброчно. В 1649 г. по духовной грамоте князя Бориса Михайловича Лыкова монастырю отошли все его земли на Керженце. Согласно межевой книге Дмитрия Михайловича Плещеева, в 1670 г. обитель владела землями по всему течению реки и притокам. Особое благоволение монастырям преподобного Макария оказывали представители рода Романовых. В Смутное время перед иконой Желтоводского святого инокиня Марфа молилась об избавлении митрополита Филарета (Романова) из польского плена (в XVII в. преподобный Макарий почитался как покровитель пребывавших в плену). 1 июня 1628 г. патриарх Филарет (Романов) дал Макариеву Желтоводскомуо монастырю жалованную несудимую грамоту, предоставлявшую широкие льготы: царь повелел «десятильникам и поповским старостам» не въезжать в «Желтоводскую пустынь», не взимать со строителя «корма и пошлины» и «не судить ни в чем» братию («Акты археологической экспедиции», том 3). Монастырь был освобождён от уплаты большинства налогов в патриаршую казну; устанавливалась подсудность насельников и монастырских крестьян непосредственно патриарху. Грамотой от 30 июня 1629 г. царь и патриарх предоставили обители «на оброк» «бортныя угодья» с чёрным лесом и сенными покосами. 20 августа 1639 г. царь Михаил Фёдорович выдал проездную грамоту, «чтоб давали... игумену Пафнутию, да келарю старцу Иосифу, от Москвы до Ярославля по подводе человеку верхи, да проводник на подводе с телегою», а от Ярославля до монастыря «давали бы им готовое судно кормщика и гребцов, счетчи против подвод; вниз реки против подводы по одному человеку, а вверх реки против подводы по два человека гребцов везде, не издержав ни часу».