Царской грамотой от 22 июня 1687 г. подтверждалось право монастыря собирать таможенные пошлины «с торговых людей, приезжающих на Макарьевскую ярмарку, без выдачи им выписи» («Дополнения к Актам историческим…», том 12). 25 июня 1698 г. царь Пётр I выдал грамоту «о сборе на Макарьевской ярмарке таможенных пошлин в пользу» Макариева Желтоводского монастыря, «о не осматривании по городам товаров и свободном пропуске торговых людей и об изъятии их на время означенной ярмарки из-под ведомства воевод с предоставлением над ними расправы монастырским властям» («Акты исторические», том 5). В 1700 г. указом царя Петра I ярмарка поступила в ведение Казанского дворца и приказа Большой казны, а с 1718 г. – Коммерц-коллегии; Макариев Желтоводский монастырь был лишён «сбора пошлин за отчислением их в казну». Одновременно монастырю разрешалось сдавать свои помещения внаём под склады товаров, содержать перевоз через Волгу и «извозы по дорогам». В 1719 г. монастырь получал из ярмарочных сборов на жалованье и содержание братии и священнослужителей 1185 руб.; обитель имела 14 мельниц на реках Волга, Сура, Керженец, Большая и Малая. Маза, содержала скот (163 лошади, 123 коровы, 27 овец). В 1700 г. монастырь владел в Нижегородском и Алатырском уездах 328 крестьянскими дворами, к 1719 г. – 2149 крестьянами, к 1744 г. – 3171 крестьянином. Некоторое время к монастырю была приписана Алатырская Вознесенская пустынь. В 1764 г. Макариев Желтоводский монастырь был отнесён ко второму классу со штатом из 17 насельников, которым из казны ежегодно отпускалось 1647 руб. В 1779 г., при образовании Нижегородского наместничества, Подмонастырскую слободу при монастыре преобразовали в город Макарьев (Макарьев-на-Волге), центр Макарьевского уезда. В августе 1816 г. Макарьевская ярмарка была уничтожена пожаром, в 1817 г. перенесена в Нижний Новгород. Архимандрит Израиль в письме инженер-генералу Августину Августиновичу Бетанкуру жаловался на то, что обитель оказалась в «самом беднейшем состоянии». Существенный доход монастырю приносили пожертвования от служб в приписной нижегородской ярмарочной пятиглавой Макариевской (так называемой флачной) часовне (архитектор Д.Н. Гущин), выстроенной на средства, собранные купечеством. Освящение часовни 19 августа 1866 г. совершил викарий Нижегородской епархии Балахнинский епископ Макарий (Миролюбов) в присутствии цесаревича Александра Александровича (впоследствии император Александр III) и великого князя Владимира Александровича. По сторонам часовни находились высокие флагштоки, на которых 15 июля в знак открытия ярмарки поднимали флаги, а 25 августа спускали, что означало официальное закрытие ярмарки. К открытию ярмарки из Макариева Желтоводского монастыря в часовню приносили чтимый образ преподобного Макария (1620 г.), перед которым служили молебен.