После 1917 г. всё монастырское имущество было национализировано, комплекс Макариева Желтоводского монастыря поставлен на учёт Нижегородским подотделом по делам музеев и охраны памятников искусства и старины (Главное управление научными, музейными и научно-художественными учреждениями Народного комиссариата просвещения). Последняя настоятельница игуменья Феофания (Чуркина) смогла зарегистрировать насельниц в качестве трудовой артели. С 1920 г. в монастыре служил и духовно окормлял сестёр (около 200) Александр (Щукин; ум. в 1937 г.), впоследствии викарий Нижегородской епархии. При обители епископ Александр (Щукин) сумел организовать преподавание Закона Божия детям 10–13 лет. В 1927 г. монастырь окончательно закрыли. Большинство сестёр переселились в Лысково, где проживал епископ Александр (Щукин), который продолжал им помогать. Игуменья Феофания и несколько насельниц поселились при Никольском храме соседнего села Просек. В 1924 г. была закрыта Макариевская часовня на ярмарке. В 1928 г. решением Лысковского уездного исполкома на территории Макариева Желтоводского монастыря был размещён детский дом имени 25 октября на 176 человек. В конце 1929 г. детский дом перевели из монастыря, в связи с чем краевой музей просил Нижегородский отдел народного образования передать монастырский комплекс в ведение музея и Госфонда. С 1929 г. помещения Макариева Желтоводского монастыря стали арендовать различные районные организации: например, в 1930 г. Лысковскому леспромхозу были переданы Троицкий собор, Макариевская, Успенская и Михаило-Архангельская церкви. С сентября 1931 г. эти здания арендовал Лысковский лесрабкооп. С 1936 г. обязанность коменданта монастырского комплекса исполнял заведующий Лысковским музеем Б.П. Амбаров. Он отвечал за сохранность памятника, имел право заключать с организациями договор на аренду построек и следить за его выполнением. В том же году некоторые монастырские постройки были переданы в аренду местному лесозаводу имени Степана Разина. В 1941–1943 гг. в монастыре размещался эвакогоспиталь №28/31, а с 9 сентября 1943 г. по 23 ноября 1988 г. – Лысковский зооветеринарный техникум. В Успенской церкви был устроен спортивный зал, в трёх каменных корпусах, двух деревянных домах и трёх башнях размещались учебный корпус, кабинеты, клуб, библиотека, общежитие. В Троицком соборе находилось зернохранилище. Во время пожара середине 1940 гг. были уничтожены второй этаж и крыша южных келий, в которых находилось студенческое общежитие, крыша надвратной Михаило-Архангельской церкви, один из куполов Успенской церкви. Осенью 1990 г. архиепископ Нижегородский и Арзамасский Николай (Кутепов) обратился в областной Совет народных депутатов с просьбой о передаче РПЦ всего комплекса монастыря. 29 декабря того же года постройки Макариева Желтоводского монастыря были переданы Нижегородской епархии. 25 марта 1991 г. решением Синода монастырь был возрождён как женский. В нём проживает около 20 сестёр во главе с игуменьей Михаилой (Орловой). При обители открыт детский приют. Подворьями Макариева Желтоводского монастыря являются Преображенский собор в городе Лысково, храм Казанской иконы Божьей Матери в посёлке Макарьево Лысковского района. Среди святынь в обители хранятся глава преподобного Макария, иконы с частицами мощей преподобных Макария, Серафима Саровского, Лаврентия Черниговского, Феодора Санаксарского, святителей Николая Чудотворца, Феофана Затворника, великомучеников Георгия Победоносца, Пантелеимона и др.