Ко второй половине XIX в. Макариев Желтоводский монастырь владел пустошами Медиоланская, Богородская и Боговая Гора в Макарьевском уезде (всего 47 десятин 1792 сажени), мельницей на реке Мазе, подворьем на Лубянской ул. (ныне Б. Лубянка, 16) в Москве и часовней в Нижнем Новгороде. Но постепенно в связи с переводом ярмарки в Нижний Новгород материальное состояние монастыря скудело. Волжские воды, приблизившиеся к стенам обители, разрушали наружную линию монастырских укреплений. В 1868 г. по инициативе архиепископа Нижегородского Нектария (Надеждина) указом Синода Макариев Желтоводский монастырь был упразднён, здания переведены в распоряжение Епархиального попечительства о бедных духовного звания. Монастырское имущество передавалось в кафедральный нижегородский Преображенский собор, а также в бедные церкви губернии. В кельях продолжали проживать 27 монашествующих и служителей, которые получали из казны жалованье (770 руб. – для монахов, 640 руб. – для служителей). В 1881 г. московские и макарьевские купцы Я. Лабазин, Ф. Ермаков, М. Щербаков, М. Попов, В. Аксёнов, П. Боткин, А. Лузин и Л. Фадеев ходатайствовали перед обер-прокурором Синода Константином Петровичем Победоносцевым о восстановлении древнего монастыря как женской общины, передавая в обеспечение сестрам 30 тыс. руб. и 50 десятин земли. Высочайшим повелением от 9 мая 1881 г. и указом Синода от 5 июля 1882 г. в стенах Макариева Желтоводского монастыря учредили женскую общину. 8 июля 1882 г. торжественное открытие общины возглавил епископ Нижегородский Макарий (Миролюбов). В желтоводские кельи были переведены 15 сестёр богадельни, существовавшей при кладбищенской Сретенской церкви села Лыскова. 15 марта 1883 г. Епархиальное попечительство о бедных духовного звания передало общине пустошь Боговая Гора. 23 апреля 1883 г. община была преобразована в нештатный общежительный монастырь, причём купец Ф. Ермаков пожертвовал на содержание насельниц 10 тыс. руб. Высочайшим повелением от 22 января 1887 г. за Макариевом Желтоводском монастырём закреплялись три земельных участка (4 десятины 500 сажён): песчаный остров (500 сажён), располагавшийся напротив обители, с правом устроения на нём пристаней; 2 десятины на другом острове; 2 десятины земли (так называемый Солдатский Огород) рядом с деревней Чёрная Маза. 18 декабря 1886 г. по ходатайству Макарьевской городской думы попечителям восстановления обители московским купцам А.Н. Дьячкову и Ф. Ермакову было пожаловано звание почётных граждан Макарьева. В начале XX в. Макариев Желтоводский монастырь владел 84 десятинами земли. В 1888 г. в Макариевом Желтоводском монастыре проживали игуменья Августа и 113 насельниц, в 1904 г. – игуменья Феофания, около 30 монахинь и 160 послушниц, служили священники Георгий Листов и Григорий Бланков, диакон Н. Бобков. При обители был епархиальный приют на 25 сирот, устроенный на средства Нижегородского епископа Макария (Миролюбова).