Поскольку Евангелие от Луки названо третьим, в начале сочинения речь, очевидно, шла о Евангелиях от Матфея и от Марка. Первая строка «Канона Муратори» является финалом рассказа о происхождении Евангелия от Марка. Исследователи полагают, что автор «Канона Муратори» в несохранившемся разделе рассматривал вопрос, в какой мере апостол Марк был свидетелем описываемых им событий. О евангелисте Луке однозначно говорится, что он сам не был свидетелем описываемых событий и присоединился к апостолу Павлу уже после Вознесения Христова. Автор «Канона Муратори» называет Луку врачом и сообщает, что Павел взял его с собой «quasi ut iuris studiosum». Были предложены несколько конъектур: «adiutorem» (Э.С. Бьюкенен), «itineris socium» (А. фон Гарнак), «itineris studiosum» (Теодр Цан), «litteris studiosum» (Х. Лицманн). Исследователям известны также две линии толкования этого места. Одни полагают, что под «jus» имеется в виду Закон Моисеев. В таком случае автор «Канона Муратори» хотел подчеркнуть, что Лука был «ревнителем Закона» или книжником. Другие исследователи видят здесь намёк на то, что Лука был в переносном смысле адвокатом христианского учения или в прямом смысле юридическим представителем апостола Павла. Далее приводится легендарный рассказ о том, как было написано Евангелие от Иоанна: апостол Иоанн в ответ на просьбу учеников написать Евангелие предложил всем вместе поститься три дня; в результате было дано откровение апостолу Андрею, которое заключалось в том, что апостол Иоанн должен написать обо всём от своего имени, а остальные ученики должны проверить, что он написал. Таким образом, автор «Канона Муратори», как полагают исследователи, пытался укрепить авторитет Евангелия от Иоанна одобрением со стороны всех апостолов. Соглашаясь с тем, что свидетельства евангелистов в частностях не всегда совпадают, автор «Канона Муратори» подчёркивает, что в главном они согласны между собой, и приводит один из вариантов «правила веры» (перечисление основных этапов домостроительства спасения). Затем он снова обращается к евангелисту Иоанну и цитирует Первое Послание апостола Иоанна, подкрепляя статус автора как свидетеля земной жизни Спасителя. В отношении книги «Деяний святых апостолов» отмечается, что Лука описал только то, чему был сам свидетелем. Подробно говорится о Посланиях Павла. Автору «Канона Муратори» были известны 13 Посланий (включая пастырские). Он приводит их в виде двух списков. Первый список краткий и включает только Первое Послание Коринфянам, Галатам и Римлянам. Второй список, согласно «посланиям семи церквам», включает Первое Послание Коринфянам, Ефесянам, Филиппицам,  Колоссянам, Галатам, Фессалоникийцам, Римлянам, расположенные по хронологии и возрастанию объёма. Число 7 символизирует полноту единой церкви (хотя далее автор «Канона Муратори» упоминает ещё Второе Послание Корнифянам и Второе Послание Фессалоникийцам). Этот список дополняется перечислением Посланий отдельным лицам – Филимону, Титу и Первое – Второе Тимофею. Каноничность пастырских Посланий исследователи под сомнение не ставят; Послания к Лаодикийцам и к Александрийцам относят к подложным. Далее следует список спорных, но принимаемых церковью книг: Послание Иуды, два Иоанновых Послания, «Книга премудрости Соломона», «Откровение Иоанна Богослова» и «Апокалипсис Петра» (в отношении последнего делается оговорка, что его не все принимают). К разряду не читаемых в церкви, но всё-таки полезных относится «Пастырь» Ермы (видимо, рассматривается тоже как апокалипсис). Совершенно отвергаются еретические писания Арсиноя, Мильтиада, Валентина (Маркиона) и Василида.