Отсутствие в перечне первого Послания апостола Петра исследователи объясняют только повреждением текста или большой архаичностью памятника. На Востоке в IV в.  Первое Послание Петра уже входило во все канонические списки. Послание Иуды и два Послания Иоанна (первое и второе или второе и третье?), по мнению исследователей, упоминаются в канонических списках наряду с «Книгой премудрости Соломона» как образцы псевдоэпиграфов, которые, тем не менее, церковь не отвергает. По мнению П. Каца, выражение «duas in catholica [ecclesia?]» следует понимать не как относящееся к церковному признанию Первого и Второго Посланий Иоанна (1–2 Ин.), а как причисление Второго–Третьего Посланий Иоанна (2–3 Ин.) к «кафолическому» Первому Посланию Иоанна (1 Ин.), которое упоминалось раньше как подлинное (т.е. «dua(e) sin catholica [epistola]»). Самое раннее упоминание о Третьем Послании Иоанна встречается у Оригена, а самое позднее – у зависящего от него Евсевия Кесарийского, которые относят его наряду со Вторым Посланием Иоанна к числу спорных. Адольф фон Гарнак, считавший в отличие от многих учёных, что «Канон Муратори» был изначально составлен на латинском языке, называл его не просто произведением римского автора конца II в., но и древнейшим официально изданным каноном Священного Писания Римской церкви. В пользу такого предположения, по его мнению, говорят многократное использование форм мн. ч. («a nobis», «recipimus», «non recipimus», «catholicam ecclesiam recipi non potest», «quidam ex nostris») и категоричные заявления о том, что принимается церковью, а что – нет. Исследователи полагают, что в «Каноне Муратори» отражена полемика с Маркионом: из Посланий Павла первое место отведено «Первому Посланию к Коринфянам» в противовес «Апостоликону» Маркиона, началом которого служило «Послание к Галатам» (хотя, как полагают исследователи, автор «Канона Муратори» просто расположил Послания Павла в хронологической последовательности). С этим же связано упоминание в «Каноне Муратори» об отвержении принятого у маркионитов «Лаодикийцам послания» (которое в действительности, как полагают исследователи, было лишь переименованным Маркионом «Посланием к Ефесянам»). Однако современные исследователи (Ж. Д. Кестли, Й. Верхейден, К. Й. Маркшис) не видят достаточных оснований считать «Канон Муратори» памятником, происходящим именно из Римской церкви (хотя еще для Брюса Меннинга Мецгера это было несомненным фактом), но рассматривают Италию как наиболее вероятное место создания «Канона Муратори». Хотя в настоящее время установить точно дату и место происхождения «Канона Муратори» не представляется возможным, дальнейшая традиция бытования этого текста указывает на регион северной части Адриатики. Те, кто не разделяют гипотезы Адольфоа Гарнака и Сандберга-Ханемана, полагают, что «Канон Муратори» создавался в качестве введения (пролога) к тексту Нового Завета. В 2018 г. ожидается публикация гиперкритической работы К. Ротшильд, в которой доказывается, что «Канон Муратори» является не просто памятником IV в., но намеренной архаизирующей фальсификацией, поскольку автор «Канона Муратори» допускает множество ошибок и обнаруживает зависимость от источников IV в.