Против каноничности «Пастыря», но на основании не хронологии, а содержания выступал Тертуллиан. Такие же (как в «Каноне Муратори») случаи отождествления Ермы с братом Пия исследователи встречают в «Каталоге Либерия» в составе «Хронографии» 354 г. и в анонимном «Стихе против маркионитов» (исследователи полагают, что это могут быть элементы общей традиции, восходящей к «Канону Муратори»). Хотя подобного рода утверждения исследователи встречают в раннехристианской литературе (например, у Иринея Лионского говорится, что «Откровение Иоанна Богослова» было написано «недавно», во времена правления императора Домициана), некоторые исследователи предлагают понимать «nuperrime» в «Каноне Муратори» не строго хронологически, а лишь как общее указание на время после Воплощения. Другие учёные отмечают, что опираться при датировке «Канона Муратори» на приводимые в нём сведения о Ерме вообще не имеет смысла, т.к. Ерма был не историческим лицом, а вымышленным литературным персонажем, от лица которого ведётся повествование в книге «Пастырь». Другой распространённый критерий датировки – упоминание в «Каноне Муратори» еретиков, среди которых однозначно определяются лишь Валентин, Маркион, Василид и «катафригийцы» (монтанисты). Имена других еретиков сильно искажены в рукописи. Под Арсиноем (если только это не указание на местность в Египте) имеется в виду, по мнению исследователей, еретик Бардесан (ум. в 222 г.), поскольку его имя часто упоминается вместе с именами Маркиона и Валентина (например, у Епифания Кипрского и Феодорита). Исследователи полагают, что имя Митиад в рукописи может быть искажением имени Мильтиад (по мнению исследователей, это монтанист Алкивиад, называемый также Мильтиадом, но может быть и православный апологет, боровшийся с гностиками, которого упоминает Тертуллиан). В «Каноне Муратори» сообщается о том, что он составил «новую книгу псалмов для Маркиона». По мнению исследователей, это, несомненно, ошибочно и говорит либо о повреждении текста, либо о том, что автор «Канона Муратори» был плохо знаком с перечисляемыми им ересями. Также ошибочно, по мнению исследователей, Василид связывается с Асией, а не с Александрией. Наименование «катафригийцы» («Catafrycum») впервые встречается у Кирилла Иерусалимского. В более ранних источниках в отношении монтанистов (см. ст. Монтанизм) употребляется только слово «фригийцы». Однако авторы IV в. вполне могли воспроизводить более ранние источники, так что рассматривать слово «катафригийцы» как указание на позднее время составления «Канона Муратори», по мнению исследователей, нельзя, хотя этот аргумент используют сторонники датировки «Канона Муратори» IV в. Версию поздней датировки впервые предложил А.К. Сандберг в 1965 г. Он не только отнёс памятник к IV в., но и локализовал его на Востоке. Помимо прочего А.К. Сандберг отмечал, что такие выражения, как «ecclesiastica disciplina» и «sedente cathedra urbis Romae ecclesiae», можно рассматривать как анахронизмы для II в. Он также отметил, что упоминание «Книги премудрости Соломона» среди книг Нового Завета встречается только у Епифания Кипрского. Гипотезу А.К. Сандберга приняли Нильс Альструп Даль, Хельмут Кёстер и ряд других учёных, однако большинство отвергли.